之后，征伐朝鮮作戰的編制發布了，黑田長政被任命為第三軍團的長官。
這個時候黑田如水就被要求隱居了，黑田家的正式家督改為了黑田長政。
隨后的四月二十二日，黑田長政的第三軍團從日本出發。
黑田如水和黑田長政與第六軍團的小早川隆景一起開往的朝鮮。
此次征朝的總司令官是豐臣秀吉的養子宇喜多秀家，當時才二十一歲，而四十多歲的黑田如水則擔任參謀。
一開始，日軍攻勢凌厲。
打下漢城之后的那次防區劃分，黑田長政被任命在了漢城南部地區的全州。
這時候，從一開始就反對出兵朝鮮的黑田如水，又一次不合時宜的說話了，他極力想要抑制戰火的擴大。
堅決不認同繼續北上攻打平壤的命令。
在日本豐臣秀吉察覺到了這一點后，一怒之下命令黑田如水立即回國。
后面的事情大家都知道了，日軍繼續北上，順利攻占了平壤。
但是很快的，明軍入朝，李如松發動了平壤戰役。
之后又疾風掃落葉一般收復了朝鮮的一半領土。
倭軍的戰況開始惡化。
黑田如水受命再度北赴朝鮮。
但在這次渡朝之后，黑田如水和豐臣秀吉所信賴的三奉行（石田三成、小西行長、宇喜多秀家）產生了激烈的沖突。
事情的起因是這樣的：三奉行聽說黑田如水又一次抵達了朝鮮，便馬上前往他所在的釜山城討論以后的作戰計劃。
但這個時候黑田如水正在內室和淺野長政下棋，聞報三奉行來了以后，他只說了一句“等一會兒。”
兩耳不聞窗外事，繼續與淺野長政下棋。
三奉行一開始在別室里等著，但是后來聽出里面傳來下棋的聲音，又不見黑田如水出來。
盛怒之下就一言不發的起身離開了。
等到黑田如水下完了棋想要見三奉行的時候，卻一個人也見不到了。
為了使狂怒的豐臣秀吉原諒自己，黑田如水決定出家，之后剃發，返回日本，住在了寺廟里。
隨后，他寫下了對嫡子黑田長政的五條教訓之書。
又命令弟弟黑田利高和家臣粟山善助將這篇教訓狀送到了在朝鮮前線的黑田長政手里。
在日本靜靜等待著豐臣秀吉的裁決。
最終，豐臣秀吉顧念到黑田如水過去的顯赫戰功，取消了已經發出的要求他切腹的命令，決定不再問罪。
同時，豐臣秀吉也向在朝鮮的黑田長政傳話，讓他安心作戰，不要有后顧之憂。
然而這件事情怎么可能就這么過去？豐臣秀吉他們都不敢惹，可是石田三成這些文官卻著實該死。
黑田長政想起這些來就感覺煩悶，他知道自己的父親沒有被賜死，只有一個原因。
那就是自己領著1萬2千人的第三軍團，如果不是這些士兵在自己手里。
豐臣秀吉才不會輕易放過父親。
所以這些士兵的命，也是父親的命，這也是他時刻保持著警惕，即便是其他武將和軍團早就不怎么防守了，他仍然要求定期巡防的原因。
看著落日西下，黑田長政感覺有一股涼意襲來。
“母里有信這個家伙，怎么還沒回來復命？不會又去喝酒去了吧？”黑田長政皺著眉念叨著。