游戲只有三個結局，可以說是BadEeding、不那么壞的BadEeding和超級壞的BadEeding。
是的，這一款游戲非常經典地體現了老虛的風格，不管你怎么選擇，最后一定會是個BadEeding，只不過是哪一個更壞的區別罷了。
結局一：男主回歸正常生活，感官都恢復了正常，可是沙耶卻跟他是兩個世界的生物，彼此無法在一起，最后一次通話結束之后，沙耶徹底地消失了。
結局二：為了尋找奧涯失蹤真相的匂坂郁紀主治醫生——丹保涼子發現了奧涯的研究筆記，郁紀原來的好友耕司對沙耶和郁紀發起最終決戰。
郁紀與耕司纏斗在一起，沙耶沖過來幫助郁紀。涼子趁機用液氮冷凍劑加霰彈槍重創了沙耶，雖然涼子被憤怒的郁紀用利斧劈死，但沙耶卻永遠離他而去。絕望的郁紀揮斧自盡。
殘存一口氣的沙耶即使在耕司的毆打之下也在慢慢的爬過去在體液噴涌中伸出觸手，像是安撫死去的郁紀一樣與他攜手死去。
雙死結局，可以說是三個里面最悲慘的。
結局三：殺死了郁紀的朋友戶尾耕司之后，沙耶本來可以和郁紀悄悄地活下去了。
然而，成熟期的沙耶在汲取了足夠的郁紀的基因后不可避免地開始繁育后代，盛開的沙耶放出了無數的孢子，播撒到世界各處，為郁紀創造了一個能讓郁紀感覺到幸福的世界。
人類集體被同化為沙耶的同族，同時感官被扭曲，擁有無限的學習和改進自己基因和其他生物基因的能力，慢慢被轉化的匂坂郁紀主治醫師——丹保涼子自嘲的記錄了人類最終的結局。
人類滅亡……
看起來要比前面兩個好那么一丟丟，畢竟男主可以跟沙耶生活在一起，可是由于沙耶種導致了人類滅亡，男主注定也要悲慘死去。
……
因為《沙耶之歌》的騷操作，博米再次被推上了風口浪尖。
【豈可修！今年的游戲編劇都是怎么了？為什么N+的新游戲繼承了博米王者榮耀·前傳的BADENDING傳統？】
【一款《王者榮耀·前傳》虐得還不夠嗎？我本來是沖著《沙耶之歌》這么好看的封面去的啊，誰知道結局一個比一個虐心。
已經無法直視這個世界的galgame了。】
【記住這個游戲的腳本編劇，他叫做虛淵玄，這個人之前就搞出過這種事情，你們還記得去年N+的《鬼哭街》嗎？
最后男主角和他的好朋友同歸于盡了。
然后妹妹把自己的靈魂和哥哥的靈魂融合了。
幕后黑手其實就是男主角的妹妹。
我當時玩到這里，整個人都崩潰了，三觀碎了一地，氣得想要砸電腦。
現在又搞出了這個，我都不知道該說些什么……】
【都怪博米，今年要不是他們開的頭，怎么可能會有這種事情發生？】
【虛淵玄也真的是的，好的不學，學博米的虐人結局干嘛呀？】
【但是，你不得不承認，人家虛淵玄確實掌握了博米的精髓，這游戲不但虐你，關鍵是腦洞還大，除了結局之外，其他的地方堪稱完美。】
【不然呢？如果其他的地方渣的話，也不至于引起玩家的公憤啊！】
【都怪博米！都怪曹老板！】
……
當看到了型月那邊截圖翻譯過來的島國玩家評論時，曹陽整個人一愣。
“淦啊！這關我什么事？怎么什么屎盆子都往我頭上扣呢？”