羽戊良離開了第三新東京市，但他留下的影響力相當巨大。
在人類的認知領域當中，又多處一只極其強大的生物，而目標還無法確定是外星生物或地球本身的生物，是敵是友依然無法確定。
在NERV總司令碇源堂的建議下，將羽戊良列入危險觀察對象，代號“哥斯拉”（這里直接用哥斯拉作為代號，方便直接明了）。
人類政府也意識到單靠那些常規武器是無法阻擋使徒入侵的步伐，想要保護地球，不讓“第三次沖擊”降臨，依靠人類的力量恐怕已經很難做到。
如今又多了一只未知的神秘生物，人類的未來堪憂。
正因為如此，政府對NERV也是極其信任，把希望寄托在EVA機體上。
停放EVA的機艙。
在巨大的初號機面前，碇源堂站在那里，雙手插兜，茶色的墨鏡下透露出深邃的目光，正在思考著什么。
“吞下了‘生命果實’的神秘生物，哥斯拉，你究竟是什么樣的存在呢？”
碇源堂是親眼目睹羽戊良吞下了第四使徒的核心，連同里面的“S2機關”一起吞進肚子里，理所應當的，這是一只成功吃下“生命果實”的生物，已經不能用常理來衡量羽戊良的存在。
目前還不能確認的是，羽戊良是有意還是無意吞下了“S2機關”。
若是前者，那么碇源堂可以推斷，羽戊良或許知道一些“人類補完計劃”的相關內容，那么后者目的可能與他相同。
（關于“人類補完計劃”，不清楚EVA劇情的小可愛們可以上網搜索一下，還是比較詳細的，本書就不過多贅述。）
也要是后者，羽戊良的起源有必要好好查證，因為這一切關乎到人類未來的命運以及碇源堂自己的計劃。
“碇，SEELE那邊……”
這時，冬月耕造背負雙手走來過來。
“嗯，我知道了，走吧。”
碇源堂點點頭，朝著基地深處走去，那里是七位SEELE進行秘密會議之處。
而他們這一次的會議，多半與羽戊良有關，另外就是碇真嗣能否成為初號機駕駛員這件事。
同樣的地點，初號機前面，時間回調。
站在初號機面前的，是剛剛經歷過初次駕駛EVA機體的碇真嗣。
站在他旁邊的，還有葛城美里。
“美里小姐，駕駛EVA原來就是那種感覺嗎？”碇真嗣怔怔地看著初號機，這臺徹底顛覆他世界觀的神秘機體。
“對不起，真嗣君，我無法回答你這個問題，因為我也沒有駕駛過EVA。”
葛城美里歉意地看了一眼碇真嗣，認真道。
“哦，是嗎？原來如此，為什么，為什么我要背負這樣的命運？”
“父親，我果然還是不被需要的存在。”
碇真嗣黯然地低頭看著自己的雙手，回憶起小時候被碇源堂拋下的情景，開始自怨自艾起來。
“真嗣君！”
葛城美里伸手搭在碇真嗣的肩旁上，在后者迷惘的眼神中，堅定道：“請相信你自己，你不是為了什么人而活著，而是為了你自己！”
“你坐上了初號機，并且能夠驅動它，說明你們彼此選中了對方。”