自己想盡辦法要救的綾波麗卻在眼前消散，碇真嗣楞在原地，久久無法回神。
趁這個機會，羽戊良停止了【燃燒螺旋熱線】，可以好好恢復一下體內消耗過度的原子反應堆能量。
“……碇……”
“碇君……”
雙眼無神的碇真嗣耳邊突然傳入綾波麗的聲音，猛然抬起頭，臉上露出一絲驚喜的表情，四處尋找聲音的來源，并急切地呼喊道：“綾波！是你嗎？你在哪？”
雖然迫切地想要找到綾波麗的蹤跡，但碇真嗣找了很久都沒有發現她。
不過碇真嗣可以確定，綾波麗的聲音確確實實是存在的，也能夠聽得到。
“碇君，聽我說……”
綾波麗的聲音再次傳來，這一次顯得有些微弱，仿佛隨時都會消失。
“碇君，請不要為我感到傷心，這是我自己的選擇。”
“我希望你能夠按照自己的想法活下去，即便不駕駛EVA也可以活下去。”
“請你相信自己，你不為其他任何人活著，你就是你。”
“碇君，好好活下去……”
說到后面，綾波麗的聲音越來越輕，直至徹底消散在空氣中。
“不！綾波！”
碇真嗣發出急切的呼喊，想要挽留綾波麗的聲音，但最后已經沒有任何回應，綾波麗確確實實已經不在了。
“麗……”
在NERV總部指揮中心的葛城美里看到綾波麗連同第十使徒消失，心情也是異常沉重，她同樣明白碇真嗣現在心中有多么痛苦，卻找不到安慰的話語。
整個NERV總部內氣氛非常凝重，畢竟綾波麗是最早的適格者駕駛員，感情還是非常深厚的。
“啊，啊……綾波……”
碇真嗣的雙眼再次變得無神，漫無目的地四處打量，試圖在做最后也是無用地嘗試。
“那，那是……”
突然，碇真嗣眼角的余光看到地面上有個黑色的小方盒沐浴在紅色的液體中，散發出光亮。
聚焦觀察后，碇真嗣發現這竟然是自己的錄音機。
那是碇源堂，也就是自己父親送給他的禮物，同樣也是與綾波麗結實的一個契機。
沒想到此時還能夠看到，這時候，碇真嗣終于醒悟過來，綾波麗的聲音恐怕就是從這里傳出來的。
“哦，哦……呃啊啊啊！！！”
碇真嗣仰天發出了痛苦的咆哮，雖然最后綾波麗安慰他不要因為自己的死而悲傷，但碇真嗣能做得到嗎？一個一直珍視的人在自己面前死去，只要不是植物人，都難以接受才是真的。
“唔哦——！”
伴隨著碇真嗣幾乎精神的崩潰，次神の初號機也發出了吼叫，頭頂的光環逐漸擴大，天空的顏色也變成了紅色。
這是“第三次沖擊”可能要到來的征兆，所有人神情都開始緊張起來。
大地開始震顫，地面上的廢物殘骸也漸漸漂浮到空中。