仁祖得到后金大軍南下、定州失守的消息，驚恐萬狀，將后妃送到江華島避難。
阿敏部將乘勝前進，先后攻占安州、平壤，至中和乃停止前進，駐營安扎。
此時仁祖也已逃往江華島，并命使臣到后金營中投書求和。
雙方經過一個多月的談判，朝鮮迫于后金的軍事壓力，基本上答應了后金提出的入質納貢、去明年號、結盟宣、約為兄弟之國等要求，惟有永絕明朝一條不同意。
最后阿敏讓步，向朝鮮表示“不必強要”。
三月初三，仁祖率領群臣和后金代表南木太等八大臣在江華島焚書盟誓。
雖然阿敏在盟誓上署名了，但是對朝鮮誓文不滿意，便令八旗將士分兵擄掠三日，使朝鮮京畿道海邊一帶“盡成空壤”。
隨后后金撤軍到平壤，奉皇太極命令不再后撤，揚言“大同江以西，不可復還”，又逼迫朝鮮簽訂了平壤誓約，在中江、會寧開市、索還后金逃人、追增貢物。
這次入侵，在朝鮮歷史上被稱為“丁卯胡亂”或者“丁卯虜亂”。
在韋寶的記憶中，這一次并沒有將朝鮮完全打垮，后面一次是建奴已經徹底擺平了整個北方，最后才大舉進攻朝鮮的。
1636年丙子年，明崇禎九年，朝鮮仁祖十四年，后金崇德元年，皇太極正式由汗改稱皇帝，改國號大清，族名滿洲。
他事先將此事通報朝鮮，希望朝鮮參與勸進。
朝鮮聞訊大嘩，積累近10年的憎惡、羞辱情緒一并迸發。
朝鮮臣僚紛紛痛切陳詞，“使彼虜得知我國之所秉守，不可以干紀亂常之事有所犯焉。則雖以國斃，可以有辭于天下后世也”。
在一片慷慨激昂的氣氛下，仁祖拒不接見后金使團，不接受其來書。
后金使團憤然離開漢城，沿途百姓“觀者塞路，頑童或擲瓦礫以辱之”。
該年四月，皇太極在沈陽正式舉行稱帝大典，朝鮮使臣羅德憲、李廓拒不下拜。皇太極非常氣憤，認為這是朝鮮國王有意構怨，決定舉兵再征朝鮮。
該年十二月二日，皇太極親自統帥十萬大軍親征朝鮮。
清軍渡江后，揚野戰之長，舍堅城而不攻，長驅而南，僅僅十二天便抵達王京城下。
京畿之內“上下惶惶，罔知所為，都城士大夫，扶老攜幼，哭聲載路”。
仁祖再次將王妃、王子和大臣妻子送往江華島避難，自己則率領文武百官退守南漢山城等待各路勤王軍的到來，同時派出崔鳴吉等人赴清營談判，拖延時間。
朝鮮請和書中寫道“朝鮮國王謹上言于大清寬溫仁圣皇帝：小邦獲戾大國，自速兵禍，棲身孤城，危迫朝夕，如念蒙丁卯誓天之約，恤小邦生靈之命，容令小邦改圖自新，則小邦之洗心從事，自今始矣。必欲窮兵，小邦理窮勢極，以死自期而已”云云。
皇太極見朝鮮君臣求和之切，毫無斗志，乃對其迫降，下令清軍包圍南漢山城，伐木列柵，繞城駐守，山城內糧草斷絕，不得不殺馬充饑。
各路勤王軍隊也被清軍擊敗，朝鮮君臣只有坐困孤城。
仁祖曾經爬到南漢山城的南門，看到城下清軍黑壓壓一片，不禁長嘆。