石亨本來因為違犯了軍法被削職，是于謙請求明代宗寬恕了他，讓他總理十營兵，但因為害怕于謙不敢放肆，也不喜歡于謙。
德勝門一仗的勝利，石亨的功勞并不比于謙大，而得到世襲侯爵，內心有愧，于是上書推薦于謙的兒子于冕。
明代宗下詔讓他到京師，于謙推辭，明代宗不準，于謙說：
“國家多事的時候，臣子在道義上不應該顧及個人的恩德，而且石亨身為大將，沒有聽說他舉薦一位隱士，提拔一個兵卒，以補益軍隊國家。
而只是推薦了我的兒子，這能得到公眾的認可嗎？我對于軍功，極力杜絕僥幸，絕對不敢用兒子來濫領功勞。”
石亨更是又愧又恨，都督張輒因為征苗時不守律令，被于謙彈劾，和內侍曹吉祥等都一向恨于謙。
公元1457年，明代宗朱祁鈺病重，正月壬午，石亨和曹吉祥、徐有貞迎接英宗恢復了帝位，宣諭朝臣以后，立即把于謙和大學士王文逮捕入獄。
誣陷于謙等和黃囗制造不軌言論，又和太監王誠、舒良、張永、王勤等策劃迎接冊立襄王，石亨等拿定這個說法，唆使科道官上奏。
都御史蕭維禎審判定罪，坐以謀反，判處死刑，王文忍受不了這種誣陷，急于爭辯，于謙笑著說：
“這是石亨他們的意思罷了，分辯有什么用處？”
奏疏上呈后，英宗還有些猶豫，說：
“于謙是有功勞的。”
徐有貞進言說：
“不殺于謙，復辟這件事就成了出師無名。”
明英宗的主意便拿定了，正月二十三日，于謙被押往崇文門外，就在這座他曾拼死保衛的城池前，得到了他最后的結局——斬決。
史載：天下冤之！遂溪的教諭吾豫說于謙的罪應該滅族，于謙所推薦的各文武大臣都應該處死。
刑部堅持原判這才停止了，千戶白琦又請求寫上他的罪行，刻板印刷在全國公布。
政治上，于謙敢于為民請命，嚴懲作奸犯科權貴，而受到排擠打擊。
人家當官前呼后擁，盡顯官威，于謙當官便服一套，瘦馬一匹，同僚并不以其為謙虛清廉，卻說他壞了官場規矩。
軍事上，于謙主張兵貴在精，將貴謀勇，用兵貴在臨機應變，提倡“將士相習”，“管軍者知軍士之強弱，為兵者知將帥之號令”，所創團營之制，對明朝兵制影響很大。
文學上，于謙詩作歸隱情懷的表達與慷慨悲涼的風貌預示了詩壇風氣的轉向。
在臺閣體流行的高峰期，文人們是忌諱表達激烈的情懷與悲傷的情感的，從而保持了其創作風格的雍容，以便發揮其鳴盛的政治作用。
思想上，于謙重名節，輕名利，重成仁，輕殺身，重社稷，輕君王。
于謙一生都在家里恭恭敬敬地供奉文天祥的遺像和牌位，就像供奉自己于家的祖先一樣，甚至比供奉自家的祖先還要虔誠。