李國棟招募的新兵，主要是編入輔兵、弩兵和鳥銃手的隊伍中，這些兵種不需要多少訓練，只要三個月的訓練，就能從農民變成戰士。進入了秋高氣爽的秋季，降雨減少，駐守洪澤湖的張世文干脆斷絕了運河用水，導致徐州以南的運河基本上陷入斷航狀態，運河水位下降嚴重，大型船只無法通航，只能通行小舢板了。
通往京城的漕運雖然已經斷絕，可是兩淮之地的航運仍然繁榮。鹽商和糧商就依靠這條運河賺錢，如今運河航運斷了，鹽商和糧商的利益受到嚴重影響。李國棟為此事遭到了朝中言官激烈的彈劾，不過這些彈劾的奏折崇禎根本看不到。對李國棟不利的奏折到了王承恩手里，全部都被扣下了，根本不可能送到崇禎手中。
洪澤湖的水蓄得滿滿的，好大的一湖水高懸在兩淮頭頂，隨時可能傾瀉而下。
雖然北方的滿清和李自成尚在激戰之中，可是兩淮一帶的空氣中已經可以嗅到了戰爭的氣息。
北方，李自成在一片石戰役中戰敗，精銳老營兵折損近半，之后撤離了京城。
不過這次李自成和原本歷史上的做法有些不同，崇禎的太子和另外兩位王子都被李自成帶走了，被李自成當成要挾崇禎的籌碼。原本的時空，李自成撤離京城的時候，把崇禎的三位皇子都給丟了，因為留在手里也沒用，崇禎在煤山自盡了，還留著三個皇子要挾誰？現在不一樣了，崇禎還活得好好的，太子在李自成手里，崇禎要有什么動作，都要掂量掂量。
李自成雖然戰敗了，丟失了京師、山西和中原，可是在襄陽和陜西還有數十萬大軍。
大同姜鑲向滿清投降，使得陜北的大門對清軍敞開。為了擺脫困境，李自成龜縮在陜西養精蓄銳，準備再找機會同清軍決一死戰。
可是，關中河南一帶連綿的戰爭，已經使得潛力耗盡，躲避戰爭使得百姓們無力種糧，再加上干旱使得這一年的秋收銳減，闖軍根本籌措不到足夠的糧餉。靠打大戶固然能夠短時間內弄到大量的財富糧食，可是幾年來，河南關中一帶的大戶早已打完，闖軍還能去哪里搶糧食？
滿清也沒有給順軍重整旗鼓的時間，崇禎十七年十月十九日，阿濟格、吳三桂、尚可喜率八萬滿蒙漢八旗軍自北京向西一路繞道蒙古進攻陜北，途中把宣府、大同的降軍盡數抽調，被清軍用來充當炮灰的原明軍降軍達到了十多萬之眾。
阿濟格以姜鑲等降將率領的綠營軍放在前面打頭陣，充當炮灰，猛攻闖軍。駐守陜北的高一功組擋不住，被清軍攻入上。
清軍攻入了陜北，兩路清軍對闖軍形成了鉗形攻勢。
南路清軍，由多鐸率軍，麾下大將孔有德、耿仲明等，共有滿漢八旗兵五萬余人并唐通、劉良佐等綠營兵六萬余人，共計十一萬清軍，從北京南下，直撲潼關。
南下的清軍沿途過去，北直隸、河南等地被闖軍禍害得慘了的士紳夾道歡迎，各種地主武裝、民團紛紛加入清軍，使得綠營軍的實力飛速膨脹到了十多人的規模。
李自成大軍駐守潼關堅守不出，可是曾經易守難攻的潼關，在清軍的大炮面前卻不堪一擊。
清軍以紅夷大炮、大將軍炮、野戰炮和重型佛郎機猛轟潼關，炮彈下雨一樣落在關城上，闖軍死傷慘重。隨后清軍以綠營軍放在前面充當炮灰，后面緊跟著漢八旗火銃手，再后面是滿八旗弓箭手壓陣，向關城發起了猛攻。
李自成抵擋不住，丟了潼關退回關中。
清軍攻破李自成的老家米脂，隨后在米脂實施了慘無人道的大屠殺，李自成老家，無論男女老幼全部長清軍屠戮。
李自成戰敗，放棄了關中，退到襄陽。