相比《超人：鋼鐵之軀》，雖然設定上參照了佐德將軍入侵地球的背景，這一版《超人》卻也基本上是完全不同的兩個故事。
克拉克·肯特在南極冰層的氪星飛船內知曉了自己的身份，并且獲得了正式的超人戰衣。
初期的宣傳中，西蒙參照《超人：鋼鐵之軀》中的造型設計的超人戰衣還引起了一些爭議，隨著影片上映日期臨近，力量感十足的全新超人戰衣也獲得了越來越多的認可，很多超人粉絲甚至認為，這才是超人真正該有的樣子。
換上戰衣，領悟了自身所擁有的力量，超人第一次飛躍冰川、跨過大海、橫穿大漠、掠過草原最終沖向遼闊星空俯瞰地球的畫面，再次給觀眾帶來了一場沖擊力十足的視覺盛宴。
對于參加首映的好萊塢電影人來說，這組不到1分鐘的鏡頭中所蘊含的先進特效技術，甚至讓人產生一種強烈的無力感。
好萊塢的主流依舊在追求那些性價比越來越低的大明星大導演，丹妮莉絲娛樂通過技術上不遺余力的投入，已經將所有人都遠遠甩開。
超人覺醒的同時，南極冰層內偶然被其所救的《星球日報》記者露易絲·萊恩開始探詢這位外星來客的底細，沿著克拉克·肯特曾經的冒險蹤跡，一路追索，逐漸接近了真相。
遙遠的太空，接收到氪星飛船的信號，佐德將軍率領自己的屬下來到地球。
《超人：鋼鐵之軀》中，佐德將軍抵達地球，直接開啟全球廣播要求交出隱藏在人類當中的氪星人，因此引發了一次全球輿論風波。
扎克·施耐德的本意是通過這段情節拷問人性，增加電影內涵，同時反襯出超人近乎完美的‘神性’，即使遭遇人類背叛，他依舊選擇站在人類一邊，進而將故事導向超人在《蝙蝠俠大戰超人》中的悲情結局。
西蒙從一開始規劃DC電影宇宙過程中就沒有考慮過玩深層玩暗黑，如果必須拋棄一些什么，他會毫不猶豫選擇將DC電影宇宙制作成純粹的爆米花系列。
這部《超人》同樣如此。
因此，抵達地球的佐德將軍一行并沒有再開啟全球廣播，而是直接無視了生活在這個星球上的脆弱‘螻蟻’，自行調查發出信號的氪星飛船，并且通過克拉克·肯特遺留下來的蛛絲馬跡，確認肯特很可能是喬·艾爾的后裔。
最關鍵的一點，喬·艾爾的后裔身上很可能擁有蘊含著足以重建氪星力量的母盒。
佐德將軍一直希望重建氪星。
找到母盒，流浪太空數百年以來的夙愿就能實現，他們腳下這顆資源豐富的土著星球，恰好也能夠作為重建氪星的原材料。
通過收集甄別人類世界的信息，佐德將軍一行很快確認了克拉克·肯特的身份，直奔肯特的家鄉。
肯薩斯州，克拉克·肯特從小長大的斯莫維爾小鎮。
露易絲·萊恩終于在超人養父喬納森·肯特的墓碑前見到了這位外星來客，克拉克沒有再隱瞞自己的身份，而是向露易絲講述了自己養父在一次本可以被他拯救的意外中死去的經歷，以此表明自己對這個世界的態度。
然后，氪星飛船從天而降。
倉促的遭遇戰，整個斯莫維爾小鎮幾乎被摧毀，為了保護母親、露易絲·萊恩以及小鎮的居民，克拉克·肯特只能任由佐德將軍奪走母盒。
宇宙飛船現身，強大的外星人對決，小鎮遭遇肆虐過的斷壁殘垣，消息迅速傳開。
聯邦政府習慣性地封鎖了整個小鎮，以避免恐慌為由嚴控消息外泄，同時開始追索氪星飛船的下落。