最后，董書恒以陸海軍總司令的名義宣讀改組、整編方案。
總司令之下設立總參謀部。
劉青南任副總司令，嚴仕坤擔任總參謀長，原來的參軍室并入總參謀部，彭玉麟以及普魯士退役上校漢斯擔任副總參謀長，另外還有幾名專業能力強的普魯士軍官加入參謀部。
董書恒覺得普魯士作為現代參謀制度的發源地，與他們軍官的嚴謹作風制密不可分。所以他才會不遺余力地引進普魯士的軍官，想通過他們影響自己手下的軍官。
總參謀部負責作戰情報的分析，作戰計劃的制定。戰時要負責向一線派遣作戰參謀。
……
總后勤部。
由原淮海公司采購部部長韓云擔任部長。總管淮海軍海陸軍的物資采購、儲備、供應。兵工廠、彈藥長以及高郵軍用造船廠將劃給總后勤部管理。這個部門很容易滋生腐敗，董書恒覺得必須交給自己信任的人管。
總作訓部兼民兵司令部。
由原武裝部部長馬宗武擔任部長兼民兵副總司令。作訓部負責新兵的征募、訓練，民兵的日常訓練管理，同時管理全軍士兵軍籍，晉升獎懲……
淮海軍陸軍野戰部隊擴編為三個師。除了一些特殊兵種以外，董書恒不準備設置旅一級單位。以后淮海軍將以師為單位展開作戰。軍一級的單位目前還不需要，而且淮海軍也還沒那么多部隊。
野戰部隊為四個師一個縱隊。
教導師。
在原來教導團的基礎上擴建而來。
師長：劉青南（本人強烈要求留下一線部隊，不愿意在參謀部做。不過董書恒還是讓他兼任了陸軍的副總司令。)
下轄:
炮團：1200人（擁有75毫米加農炮16門，50毫米榴彈炮25門，60毫米迫擊炮30門。）
三個步兵團：6000人
騎兵營:500人
警衛營：500人
工兵營500人
特戰營500人
還有一些隨軍專業人員。
……
教導師將會同原來江北大營的一些人馬駐守浦口，建立新的江北大營，以后將是進軍江寧或者安徽的主要力量。
原101團擴編為第一師，編制與教導師基本相同，師長王從志。第一師將移防徐州。徐州是江蘇的門戶，又是交通樞紐，歷來是兵家必爭之地。