這一年的下半年,羅馬不太安定。
先是秋天接連下了半個月的大雨，以至于羅馬城內開始內澇。凡娜莎搬到城外的葡萄園暫住，露克蕾莎則帶著戈弗雷在奇維塔韋基亞城堡常住。至于切薩雷,他得跟教皇一起留在羅馬。
雨勢極大,電閃雷鳴，有一天,一道閃電恰好劈中亞歷山大六世在教皇宮的臥室,當時教皇正要就寢，兩名仆人在伺候圣父。閃電導致教皇和兩名仆人全都倒地，一度失去說話能力,幸而白天教皇便恢復了健康。
事后，列奧納多達芬奇被召喚到教皇宮,設計了整個梵蒂岡的避雷針系統。
亞歷山大六世巡視了兩次羅馬城,慰問了一些受災群眾,慷慨的許諾將在春天重新疏通溝渠，并承諾要大力整頓城市衛生，分片治理城市衛生,不允許當街傾倒排泄物沒有及時排到臺伯河的雨水沉積在街道上,溝渠堵塞，排泄物反涌,就算是冬天，羅馬城也臭不可聞。
雨水幾天后退下去，留下一地的死老鼠。
接著入冬之后,羅馬城里爆發了新的疫病,主要還是黑死病。據說是從西班牙被趕出來、逃到意大利的猶太人帶來的。
作為教皇,亞歷山大六世并不歧視猶太人也因此他被那些對他不滿的敵人污蔑為“猶太雜種”羅馬城對猶太人敞開大門,但有趣的是,必須交足夠的“入門費”才能進城，成百上千的猶太人只能在亞壁古道上搭建帳篷居住，衛生情況堪憂。
疫病在雨后很快爆發，從深秋到年底，羅馬城里死了上千人，就連樞機主教都有幾個中招，在短短一個月里接連死了三名樞機主教。
教皇不得不將教廷整個遷往維泰博，這是11月底之前的事情。
教皇現在不差錢。
死了的樞機主教才是最好的樞機主教，按照教廷的規定，主教們死后財產全部歸教廷所有。被稱為“教會王子”的樞機主教們全都身家不菲，樞機主教的財產平均每人有100萬之巨，他們死的太突然，也沒有來得及留下遺囑，除了大概2030的現金存款不知道存在何處，三名樞機主教一共為教廷捐贈了200萬達克特的財產，其中一半是不動產。
財產到手，教皇爸爸又給胡安送去了10萬達克特的現金，還寫信給兒子，殷殷期盼兒子早生貴子，要他對瑪麗婭公主好一點。胡安剛結婚那兩個月，教皇在西班牙的代理人寫信回來，說甘迪亞公爵整天不著家，還虐待妻子。
但據瑪麗婭公主寫給露克蕾莎的信來看，肉體虐待是沒有的，胡安沒這么不講究；精神虐待還是有不少的，比如冷暴力之類。所以露克蕾莎痛快出賣了哥哥，請瑪麗婭公主不要客氣，該收拾的時候就要收拾。
教皇爸爸又給了切薩雷幾個修道院，給了戈弗雷兩個葡萄園，給了露克蕾莎10萬達克特，外加幾個橄欖種植園和葡萄園。
露克蕾莎轉手送了一座葡萄園給達芬奇大師。
列奧納多在羅馬待著相當快樂。
波吉亞花錢特別大方，從不拖欠報酬。什么都想到他，他的工作根本做不完，以至于必須寫信邀請米蘭的朋友來羅馬幫忙。他跟尊貴的小姐說了這事，小姐特別豪邁，請他盡管邀請朋友，一個不夠，一打也不嫌多，波吉亞家沒什么別的長處，就是特別會花錢。
不差錢的大師也動力十足。
他相繼完成了圣天使堡的防御工程、奇維塔韋基亞城堡的防御工程圖紙、梵蒂岡的防御工程圖紙；為教皇宮波吉亞房間的露克蕾莎房間打好了壁畫底稿，又為圣天使堡宴會廳的壁畫最后的晚餐做了詳盡的設計稿，得到了小姐和教皇的雙重肯定；