雖然祁初夫婦對自己很好，但那畢竟不能代表父愛。
早在青紫峰劍圣之戰之前，鎮北王爺朱萬鈞便因與獨孤慶天不睦，于是私下與獨孤無壽溝通，祁軒軒知道此事之后，讓獨孤無壽繼續配合鎮北王爺，因為如果自己想要稱霸武林，有鎮北王爺做后臺，自然腰桿子會硬許多。
鎮北王爺雖有野心，但是想到淮南王之事，心里就是沒有底氣，所以就想利用獨孤圣教將一笑山莊、江南祁府、齊云樓、鐵鷹堂、封仙閣等各門高手盡早除掉，因為這些江湖勢力在淮南王平叛一事中，都是站在太子和尉遲小令那邊，如果自己日后起事，這些人和幫派則事先必須要除掉，以免后顧之憂。
鎮北王承諾獨孤圣教一統江湖，而獨孤圣教承諾消滅那些阻擋鎮北王起事的江湖勢力。一個在朝堂，一個在江湖，互相幫扶。
所以獨孤圣教便利用一笑山莊二莊主秦小顛大喜之日動手，起初是想讓獨孤琴配合，后來發現獨孤琴已經深深愛上了秦小癡，不忍下手，只好讓人給獨孤琴下了些劑量少許的藥物，讓獨孤琴暈過去一段時間，以免引起別人的警覺。
至于后面的事情發展，因為六扇門尉遲小令的介入，事情并沒有按照當初預想的流程走下去，反而變得越來越糟糕起來，以至于讓尉遲小令將龍門山獨孤無壽等人消滅殆盡。
對于獨孤無壽的死，祁軒軒認為這是報應，其實自己也曾多次想將獨孤無壽滅掉，因為獨孤無壽將父親獨孤慶天害得生不如死，不管怎樣，自己再恨獨孤慶天，但也改變不了父女這層血緣關系。
就像自己恨姐姐獨孤琴一樣，但是只能允許自己隨便怎么恨都行，但是絕對不允許別人去傷害，只是后來獨孤無壽因為害怕自己冒充獨孤慶天被獨孤琴揭穿，私下瞞著自己追殺獨孤琴。當然這件事情還是獨孤琴親口告訴祁軒軒的，要不然祁軒軒還一直蒙在鼓里。
獨孤琴聽到祁軒軒對自己也沒有隱瞞，雖然有些氣憤，恨不得使勁打幾下，可是獨孤琴知道正因為祁軒軒將自己當做親姐姐，才和自己說了這么多，如果沒有將自己當做姐姐，則根本不會告訴一絲的信息。
只是后來獨孤無壽將獨孤慶天和獨孤琴封死在日光巖的山洞之中的時候，祁軒軒似乎有些后悔起來，因為被困在山洞之內的兩個人可都是自己在這世上最親的人。
可是后悔已經晚矣，祁軒軒曾經想過用炸藥炸開那扇石門，又怕傷到山洞里面的獨孤慶天和獨孤琴。所以遲遲未敢動手。
至于山洞里面有魚有水，這些祁軒軒都是知道的，只不過沒有說出來給獨孤無壽那些人知道而已。因為這龍門山的地形祁軒軒都已經不知熟悉過多少遍了，這一點非常像自己的父親獨孤慶天。
祁軒軒知道山洞里面的人不會餓死和渴死。，，