按照黃明遠的計策，楊廣一方面對江南世家示之以恩，這一次更是選拔了數百江南世家的子弟為官；另一方面則用軍隊震懾，駐軍深入各州，雙重其下，迅速使得地方上開始安定下來。
若是按照既定政策實行，數年之后，江南地區還真可能成了楊廣穩固的大后方。
楊廣和黃明遠重視江南世家，但其他朝臣并不這么認為。
泗州刺殺天子事件之后，楊廣命令大臣徹查此案，并下旨江南各地追剿萬安堂余孽，捉拿刺駕之賊子。又命各地取締天師教，緝拿妖人。
這件事本來是對南陳余孽一次有計劃的清洗，其目標性也很明確，就是反對勢力。在楊廣看來，此事并不會對江南的局勢有太大影響。
這朝野內外，最忌諱謀反之事，一有風吹草動，朝廷往往捕風捉影，見風是雨。
而且這皇權社會，尤其是在皇帝下達對案件的指示后，司法官員往往極力迎合君上心理，將嫌疑人犯屈打成招，把雞毛蒜皮之事辦成大案要案，然后大肆株連，揪出一撮又一撮的謀逆案犯。
因此負責查辦此案的大理寺少卿上儀同三司于士澄在江南大肆追查刺客，其本著“寧可錯抓千人，不可使一人漏網”的態度，只要稍有嫌疑，就抓起來嚴刑拷打。重刑之下，抓捕的人越來越多，竟然有數百人人被迫承認自己是刺客，而涉及到的萬安堂余孽達數萬人之多，俘囚滿獄。
本來一場有限度的追剿活動，最后竟有漫延之勢，成了一場對江南勢力的大清洗。
剛開始第一茬案犯報到楊廣這里，楊廣還并不以為意，大手一揮，“并令同日斬決”，下令將這數百人同日處死。
但之后案犯越來越多，連楊廣看了都滿是錯愕。
雖然誅惡務盡，但若是這樣殺下去，怕是整個江南的官吏、士紳都要殺光了。還怎么拉攏江南世家。
楊廣命大理寺和刑部要嚴格復核這些案件。大理丞張元濟覺得此事頗為奇怪，這些被指控為萬安堂余孽的案犯涉及到方方面面，若是真的全是萬安堂余孽，對方早就能一舉掌控江南了，何必繼續蟄伏待機。
張元濟調閱了相關的文書檔案，發現大多數人的罪狀都是似是而非。
但于士澄在大理寺本就威望很高，且此次是天子下令的查案，本著殺錯不能放過的想法，龍威之下，司法部門竟沒有一個人敢觸逆鱗，這事便成了定案。
于士澄在江南大肆株連，每日被殺者無數。被抓獲的叛逆越來越多，最后竟然達到滿衙皆賊的地步。到了這種局面，于士澄也是大吃一驚，不過他騎虎難下，容不得后退，只得硬著頭皮將這個案子查下去，坐實了眾人的附逆之罪。
終于，江南的士庶終于無法忍受了。