它們均采用靜默狀態，以最高節的航速向預定的海域集結。
這些水面及水下打擊力量將機動到距離暗河公司約500海里的區域，對其有價值的目標實施第二輪打擊。
于此同時，分布在三處沙漠腹地的、人類新建的導彈發射井也進入了臨戰狀態，盡管其數量不多，但摧毀暗河公司的軍事目標則綽綽有余。
15分鐘后，500架戰略轟炸機在3000架空間飛行器的護航下，進入了指定的空襲區域，很快，從3000架空間飛行器的彈艙內旋出了12000枚導彈。
一陣齊射過后，洶涌的火光從彈艙中噴射開來，頃刻間將整個天空照射得如同白晝一般。
夜空中，上萬枚導彈組成了密集的彈群刺破了暗藍色的天幕，就像一顆顆絢麗的煙火，在奔騰的尾焰中高速沖向了目標。
5分鐘后，導彈群的前鋒抵達距離暗河公司約100公里的上空。
與此同時，暗河公司的反導系統迅速做出了反應，從不同角落緊急升空了上萬枚攔截導彈，它們就像一陣密集的彈雨，怒吼著沖向了來襲的導彈。
放眼望去，整個天空變成了火與鐵的世界，雙方的導彈群組成了兩片耀眼的、飛速移動火光之陣，猶如流星雨，又好似密集的煙火。
隨著陣陣爆炸聲響徹天空，反導導彈相繼擊中了來襲的導彈，霎那間，天空變成了焰火和火球相交織的火海，烈焰滔天、彼此起伏。
盡管有超過70的導彈被反導系統攔截，約9的導彈被近地火力網所摧毀，但剩余的導彈還是突破了層層防衛圈，成功地命中了目標。
一時間，整個暗河公司成了一片烈火般的海洋，成千上百具岸基和陸基反導系統被悉數摧毀，移動式反導系統也幾乎損失殆盡。
第一波次的攻擊，成功地摧毀了由近岸、近地和遠程反導系統所組成的暗河公司火力攔截系統，暗河公司成了一處不設防的區域。
這為第二波次的攻擊了強有力的保障。
未等暗河公司組織有效的反擊措施，500架戰略轟炸機群向其有價值的軍事目標，發動了第二輪空襲。
這些目標包括武器制造工廠、造船廠及軍用機場和機庫。
500架戰略轟炸集群向上述目標傾覆了高達2000枚空對地導彈及30000萬噸航空炸彈。
沒有了反導系統的暗河公司，成了這些導彈和航空炸彈肆意攻擊的目標。
短短的3分鐘之內，暗河公司就被洶涌的烈火和沖天的火焰所吞噬，連綿不絕的爆炸響徹整個夜空，半個天空都被燒得通紅。
第二輪攻擊過后，暗河公司轄區內的軍事目標被悉數摧毀，7座武器制造工廠化為一片焦土，2座造船廠、3座軍用機場和8處機庫也在凜冽的攻擊中成為一片廢墟。
但其武器研發中心和新式武器試驗基地卻完好無損，這并非危機計劃署戰前情報失誤所致，而是其有意為之。
一個具備研發和實驗新式武器的暗河公司，對于危機計劃署是大有裨益的。
摧毀它們不是這次清剿的目的，它們在日后將發揮舉足輕重的作用。
第二波次的導彈攻擊過后，暗河公司僅存的1500余架裝備了可控核聚變發動機的戰機和623架空間飛行器騰空而起，這些戰機和空間飛行器是在兩波次的攻擊中幸免于難的。
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它們也是被迫升空的，留在地面只有被摧毀，與其如此，不如奮力一搏。