元帥下為驃騎將軍，從一品。
驃騎將軍下為奉國將軍，正二品。
奉國將軍下為輔國將軍，從二品。
輔國將軍下為定國將軍，正三品。
定國將軍下為鎮國將軍，從三品。
鎮國將軍下為昭武將軍，正四品。
昭武將軍下為輕車都尉，從四品。
輕車都尉下為上騎都尉，正五品。
上騎都尉下為驍騎尉，從五品。
驍騎尉下為飛騎尉，正六品。
飛騎尉下為云騎尉，從六品。
云騎尉下為武騎尉，正七品。
武騎尉下為承信校尉，從七品。
軍銜制度先在神策軍中推行，待將來時機成熟，再在全軍推行。
眼下最關鍵的是要讓神策軍提升戰斗力，而這是要靠大量訓練實現的。
朱慈烺決定基本按照戚繼光的訓練方法進行。
戚繼光的陣法最犀利的當屬鴛鴦陣。
鴛鴦陣強調多兵種、冷熱兵器協同配合。
這樣在與敵軍交戰的時候，本方軍隊就可以利用兵器互補占據優勢。
為了適應將來與東虜的對決，朱慈烺對其進行了一定修改。首先神策軍四營被他分為兩個步兵營、一個騎兵營以及一個炮兵營。
玄武、神武營為步兵營。驍果為炮兵營，天騎為炮兵營。
就騎兵營來說，最基本的作戰單位是小隊而不是伍。一小隊為十二人。設隊長一人，配旗槍一桿，腰刀一把，雙插一副，掌旗；設鳥銃手兩人，由伍長擔任，各配備鳥銃一桿、馬刀一把；設長槍手四名，各配備長槍一桿；設鏜鈀手兩名，各配備鏜鈀一桿、火箭三十支；火兵一名，配備木棍、解首刀，除了負責炊事外戰時也兼顧收割首級。
步兵營分殺手隊和銃手隊。不論是殺手隊還是銃手隊，皆是十二人一隊。
其中殺手隊設隊長一名，配備旗槍一桿，腰刀一把，雙插一副，掌旗；設藤牌手兩名，各持藤牌一面，配腰刀一把；設狼筅手兩名，各配狼筅兩柄；設長槍手四名，各配長槍一桿，雙插一幅；設鏜鈀手兩名，各配鏜鈀一桿，火箭三十支；另設火兵一名。
其中銃手隊設隊長一名，配備旗槍一桿，腰刀一柄，雙插一副，掌旗；設鳥銃手十名，各持火繩槍一桿，腰刀一把；另設火兵一名。
炮兵營則比較特殊，因為炮兵營通常是在騎兵營與步兵營的掩護下作戰，不會直接面臨敵軍的沖擊，故而兵種配備上比較單一。其中設隊長一名，配備旗槍一桿，腰刀一柄，雙插一副，掌旗；設鏜鈀手兩名，各配鏜鈀一桿，火箭三十支；設炮手八名，負責佛郎機炮、虎蹲炮等的發射；另設火兵一名。
四營之中最容易訓練的就是步兵營，因為其所需火器較少，基本是鴛鴦陣冷兵器陣型變換演練。
騎兵營次之。因為士兵要適應騎戰，故而比步兵營的訓練周期要長。
最難訓練的是炮兵營。
別看其兵種相對單一，但訓練一個合格的炮手需要大量的時間。
為此，朱慈烺不惜把南京城中所有的葡萄牙雇傭炮兵派到了神策軍中充任教官，教習驍果炮兵營的新兵們射炮技術。
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