智商的提高，并沒有為查理趕走孤獨，反而讓童年陰影撲面而來。
查理記起了小時候。
他站在小時候的自己面前，看著他母親逼小查理當一個正常人，在小查理緊張上廁所時不管不顧，然后拉褲子以后大巴掌伺候。而在媽媽生出妹妹，證明自己可以生出一個正常孩子后，她才不想著去改變小查理，然而，小查理終其一生都不曾停止渴望變成她聰明的孩子。
聰明的查理站在記憶中，看到小查理只是想安慰一下哭泣的嬰兒妹妹，媽媽卻怕他傷害到妹妹，呵斥和懲罰小查理，認為小查理是一個可能會傷害到妹妹的怪物。
小查理想跟妹妹玩，妹妹對他很嫌棄，對朋友說他是父母撿來的，根本不是她哥哥。
他會因為身體不受控制的勃起而發，得到母親的呵斥。
他最終被送到了面包店打工，而父母分居，讓他再也沒見過他們。
聰明的查理多想把這段記憶變成相片，把它撕成碎片。
童年的陰影讓查理恐懼，害怕，擁抱戀人時喘不上氣。
聰明也沒有給查理帶來朋友，他在面包店的那些“洗歡”他的朋友，因為查理的無知與無趣而看不起他，現在卻因為查理的知識而痛恨他。
甚至于
聰明的查理也在不自覺的加入他們，嘲笑起以前的傻查理。
智慧離間了他和他的朋友。
以前，他們笑查理，鄙視查理的無知無能；現在，他們憎恨查理的知識和理解能力，“為什么他們想以上帝之名要求我什么呢”
查理被趕出了面包店。
他和相戀的老師也漸行漸遠，因為他的智商在提升，老師跟不上。
至于科學家
查理和阿爾吉農只是他們的成果，科學家們在大會上把他們當“物品”一樣展示，好像不是兩條生命，查理打開了籠子，讓阿爾吉農在大會上跑了出來。
查理看著一群科學家滿會場的抓老鼠，他笑了。
后來。
查理找到了阿爾吉農，去了紐約。
就在此時，阿爾吉農的療效變差，它變笨了，它死了。
它讓聰明的查理發現，原來手術機理是錯的，手術只是把智商臨時升高，然后急劇下降。
他預見了自己未來，試圖改變，他說，“如果我能找出結果，只要能對已知的心智障礙增添一絲絲了解，能對和我一樣的人帶來幫助，我就會感到無比滿足。無論我的下場如何，我對那些尚未出世生命的幫助，已等于讓我活過千百次正常的人生。這樣就足夠了。”
聰明的查理智商開始下降。
他開始忘掉學過的知識，忘掉到嘴邊要說的話，他漸漸地開始看不懂自己以前看過的書。
他怕自己變得越來越糟，所以他去見了他的媽媽。
他一生不曾停止渴望變成母親聰明的孩子，然而，這時候媽媽神志不清已經認不出他。
查理還見到了自己的妹妹，她長大了，不再討厭他。
他去向那些科學家告別，“我們并不屬于相同層級。我在往上攀升時經過你的樓層，現在我在下降途中再次經過，但我想我不會再搭這部升降梯。所以，此時此刻就讓我們相互道別。”
連篇的錯別字在報告中再次出現。
用錯別字寫作的威力開始顯現，從剛讀時的艱難，順滑，再到艱難，傻查理又回來了。
他說“拜托，上帝，別把所有的東西都收回去。”
“拜托拜托不不要讓我忘記怎么讀和寫。”
他又變成了從前的查理，又回到了面包店工作，以前的朋友恨他是真，為他難過是真，現在幫他出頭也是真，但他已經沒有智力去理清這背后的邏輯關系了。
手術徹底失敗。
查理又去低能中心上課，見到了老師，告訴她，“紀尼安小姐，我來上課了，但我的書丟了。”
老師哭著跑出去了。
他突然記起什么，為老師寫下一段話，讓她不要為他難過，因為他學會了很多以前甚至不知道世界上真的存在的事情；他很高興，即便時間很短暫；他也很高興發現了所有關于家人的事。
以及
“如果你有機會請放一些花在后院的阿爾吉農墳上。”
這只老鼠，它很小，它只是人類對自然規律萬千反抗中的一次，卻是最懂查理的朋友。
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