朝廷聞訊之后，急調時任遼東總兵王治道領兵入山海關，與時任薊鎮總兵李世忠統帥的部隊從東、西兩面截殺犯境的蒙軍，并派時任遼東巡撫魏學曾入駐山海關鎮守。
幾天后，蒙軍向義院口方向突圍，在義院口又拆毀長城十六處，奪路而逃。
不過他們運氣有點差，待逃至棒槌崖時，遇大霧迷路，戰馬失蹄，墜落深澗者眾多。
當時正是新君即位，朝廷內部又碰巧徐階開始打壓高拱，而徐階只是個官僚，爭權有一套，邊事幾乎沒去管，于是明軍的戰斗力也就不必多說了。因此真正打仗的時候多不敢戰，戰后卻爭搶蒙軍自墜棒槌崖的死者首級報功。
不過此戰還是有一個很重要的意義，就是開了遼東鎮與薊鎮聯合作戰的先河，兩鎮之間的互動由此始。而能把兩鎮的防務緊密結合起來的契合點則非山海關莫屬了。
在嘉靖年間，山海關及其鄰近地區的長城因多次遭到沖擊，險情不斷，均陸續加以修補，但建筑格局并無大的變動；到隆慶年間，在戚繼光到來后，這一帶的長城防御建筑與設施才作了大的改動。
隆慶繼位登基之后，基本上一直都是跟著高拱的理政思路行事，為改變畿輔地區屢遭侵擾的險惡局面，遂決定調用在南方御倭立有大功的戚繼光和譚綸到北方整飭邊防，訓練邊兵。
隆慶二年夏，在新任薊遼總督譚綸的鼎力舉薦下，朝廷任命年輕時曾在薊鎮數度戍守的戚繼光以都督同知職總理薊州、昌平、保定三鎮練兵事，后又任命其擔任鎮守薊州、永平、山海等處地方總兵。
于是，戚繼光在朝廷的支持下，在整頓、訓練守邊部隊的基礎上，開始大力整修薊鎮的長城防御工事。
嘉靖年間，宣府、大同一帶的長城在修治時，建造了不少烽堠墩臺，而薊鎮的一些險要地區的長城在修整時卻沒有增建墩臺。
因此戚繼光主張，薊鎮長城在再修整時應作大的改動一是加高、加厚原有的邊墻，在墻兩面均設垛口，異常沖要的地區修筑重墻；一是在長城線上加筑空心敵臺，作為邊軍駐守的御敵堡壘。
在此之前，薊鎮長城線上也曾筑有磚石小臺，但小臺之間沒有緊密的聯系，且臺很小，既難以掩蔽士兵，又難以貯存軍火器具，在實戰中作用不大。戚繼光決定“筑高臺，建廬以棲火器”，并根據地形決定敵臺的修筑地點和形式。
他認為，敵臺間距要根據地形地貌，或近或遠，緊要地區數十步或一百步筑一臺，次要地區一百四五十步或二百步筑一臺，兩臺相應，互相配合。
同時，有實戰作用的敵臺一般應高三四丈，周圍為十二丈到十七八丈；要以巨石或磚筑臺基，與邊墻同高，向外突出一丈半左右，向內突出半丈有余；臺分三層，中間虛空，四面留有箭窗，上層有垛口。
每臺駐兵三、五十人，并貯備必要的器械、餱糧。在敵臺之下，另有駐屯軍隊，與臺上守軍配合作戰，防止敵軍拆墻內犯。
當時高拱已經回朝主政，朝廷的財政狀況開始好轉，于是采納了戚繼光的建議，但因為財政也只是剛開始好轉，沒法投入太多，便把應建的敵臺數目由3000座減少到1000多座。
戚繼光和譚綸調配兵卒，開始了大修長城的工程，到隆慶五年，修起1017座敵臺，并將沿途長城均視情況加以補修。當時，山海關地區在總督譚綸的親自主持下也大動土木，在山海關兩側的長城，特別是角山、后角山修筑了不少敵臺。
戚繼光鎮守薊鎮，訓練兵馬，整修長城，加筑敵臺，再加上當時高務實給他了新式的火器圖鑒，雖然還沒有京華軍工出現，但戚繼光自行打造，也使山海關一帶的防御能力大大加強，令前來侵擾的蒙古騎兵再也不敢輕易攻城。
此前已經說過，高拱的北部邊防思路是“西懷東制”，所以準許戚繼光在薊鎮大修長城的同時，又以把漢那吉投明事件為契機，完成了俺答封貢。
此后，圖們汗和兀良哈朵顏部的一些人馬雖然仍到山海關和山海關鄰近的一些長城關隘窺探、進犯，但由于這一帶敵臺密布，已使他們很難再沾到多大便宜了。