由于當時格魯派中還沒有實行活佛轉世的制度，所以根敦嘉措的地位一直難以確定。后來根敦嘉措受到扎什倫布寺法臺意希孜莫的排斥，離開扎什倫布寺到哲蚌寺學佛。
根敦嘉措在前藏各地活動，逐漸有了名望，他又在山南興建了曲科杰寺。正德七年，意希孜莫請他返回扎什倫布寺，讓他擔任扎什倫布寺的法臺，這可以說是格魯派中活佛轉世對師徒相傳取得了優勢。
這時，仁蚌巴下令禁止格魯派僧人參加拉薩正月的祈愿會，哲蚌寺僧眾請求根敦嘉措返回。正德十二年，根敦嘉措出任哲蚌寺法臺，正德十三年，由他主持拉薩正月祈愿會，爭回了格魯派僧人參加祈愿會的權力。到了嘉靖四年，他又兼任色拉寺法臺。
從此，根敦嘉措的歷輩轉世都要擔任哲蚌寺和色拉寺的法臺，這就使他的轉世系統的影響和實際地位超過了甘丹赤巴，成為格魯派的實際的領袖。內鄔宗宗本還把哲蚌寺的別墅送給他，改名為甘丹頗章。
此后便是索南嘉措的時代了，這位活佛此前也有過介紹，就不多說了。要說的是，他在歷史上就表現出極高的政治能力，被打壓的格魯派正是在他手中取得了其在蒙古的生機乃至大發展。
索南嘉措活佛在將黃教送往蒙古，并使其落地生根的過程中，有過三次最關鍵的舉動，在原本的歷史上，這三次舉動都說明了他的政治眼光和手段。
第一次不必多說，就是和俺答的會晤與互贈尊號。
第二次則是他親自趕往土默特主持俺答汗的葬禮雖然在原歷史上這件事拖得有點久，但那是因為其他因素導致的活佛出行，一路為當地信眾開壇，講經說法，活佛本人的決斷沒有任何遲疑。
第三次則是他在圓寂之前就公開“預言”四世活佛將在蒙古地區產生。這件事很有意思，因為他圓寂之后，黃教與土默特聯合確認，他的轉世靈童正是俺答的一位重孫，這位俺答汗的重孫也是歷史上唯一一位蒙古族出身的活佛轉世靈童。
原因不敢多說，反正高務實已經下了黑決心，以后轉世靈童這檔子事，咱們就提前開始搞韃清歷史上搞過的那一套要不要照搬金瓶掣簽制度無所謂，但反正就是把轉世靈童的確認權收歸大明來決定。
索南嘉措活佛如此有政治頭腦的人，高務實說服起來反而更容易。
說服聰明人其實真的比說服蠢蛋容易得多，因為聰明人會審時度勢，而蠢蛋只會鉆進牛角尖里出不來。
這次高務實給索南嘉措的信中，除了對他弘揚佛法、勸人向善等功業歌功頌德了一番之外，真正最關鍵的事情就是三點
一是告訴他這次來是幫俺答主持葬禮可以強化黃教在蒙古的地位；二是請他來為新任順義王贈予尊號，可以獲得新任的年輕順義王接下來數十年的全力支持；三是這兩件事做好之后，自己將會為他在大明皇帝面前討得封號。
前兩件事，索南嘉措活佛肯定是能看得出來的，而后一件事，以索南嘉措的水準，也肯定會相信高務實有這個能力。
在大明皇帝面前為他討要一個封號重要么