蒙軍這次為了滅國而來，先逐步清除靈州和中興府四周諸城，他們分兵先破鹽州定邊然后開始屠殺。
“以大兵久駐鹽川州，四面搜殺遺民。民至穿鑿土石避之，免者百無一二。白骨蔽野，數千里幾成赤地西夏書事卷四十二。”
這段話說蒙古人攻克了陜西定邊之后，先屠城，接著還派出軍隊到鄉間去搜殺百姓。百姓被迫挖洞躲藏，一百個人里只有一兩個能夠活下來。整個定邊地區白骨蔽野，幾乎全都變成了一片荒地。
十一月中旬，蒙軍開始攻打靈州。
原歷史上，李睍集合了西夏舉國之兵，號稱三十萬實際應該沒這么多，因為中興府最后投降時，全城也就二十萬人左右。在老將嵬名令公的帶領下在靈州城外和蒙軍決死，據說西夏國內，所有能拿刀槍的都上陣了，基本是小到十四五歲，老到四五十歲，舉國抗敵。
波斯史學家拉施德記述說戰斗之激烈，是蒙古人作戰史上少見的。
而且因為出城野戰，最后慘敗，敗兵來不及進城，靈州被蒙軍攻克，至此，整個西夏就余下首都中興府一座孤城。
同樣，因為歷史改變，李睍采取宋使建議，避免與蒙軍野戰，分兵死守靈州和中興府。
這個小小的改變，讓蒙古人吃盡了苦頭。
原本蒙軍輕易在野外打敗西夏軍，然后占據靈州，接著軍中暴發瘟疫，是耶律楚材在靈州中收集了中藥，最后救治了上萬名蒙軍。
當時蒙軍進城后，到處搜搶金銀珠寶和女人，只有耶律楚材在找中藥和書籍，讓很多人恥笑，后來才知道耶律楚材的先見之明。
接著蒙軍圍攻中興府超過大半年，才逼降西夏。
而這次，因為西夏軍放棄野戰，據城死守，僅靈州城就讓蒙軍久攻不破。
十二月，軍中突起瘟疫，蒙軍上萬人病倒，四杰之一的博爾術病死在軍中，讓成吉思汗痛失心腹大將。
耶律楚材立刻派人前往西涼府尋求中藥，等回來時，蒙軍已經死亡數千，比這么多天攻城死的人還多，成吉思汗越發的憤怒，心中下定決心，破城之后，定要屠滅靈州。
時間很快進入寶慶三年元月。
蒙軍圍攻靈州數月未果，傷亡慘重，軍中多有怨言。
所以只要避免和蒙軍野戰，一般的大城，蒙軍很難攻破。
中興府在歷史上就沒有被攻破，堅守大半年后，只是最后彈盡糧絕，被逼投降。
進入到寶慶三年1227年的春天，原本蒙軍已經攻克靈州，正在圍攻中興府，成吉思汗留窩闊臺和拖雷等繼續圍攻中興府，他親率兵馬渡黃河，攻積石州，進入金境。二月，破臨洮府。三月，破洮、河、西寧三州，在鳳翔以西到處掠奪，攻擊金兵。
但這次靈州都沒有被攻破，成吉思汗原本還打算到臨兆境內看看鳳翔宋軍，都沒有空。
蒙軍繼續圍攻靈州，但軍中已經有退兵的心思。
靈州久攻不破，還起了瘟疫，雖然被壓制，但蒙軍損失慘重，比歷史上損失的人馬還多。
但蒙軍也有辦法，三月，成吉思汗從西涼府招來投降西夏軍。
讓西夏軍在靈州城西面攻城，號召他們一邊往前，一面招降城上西夏軍，敢后退則，全部射殺。
同時將西涼府西夏百姓也驅趕過來，專門幫忙攻城，驅百姓在前。
靈州夏軍看到自己百姓在前，軍心閃動。
又有自己人攻城，心神震蕩。
三月底，靈州堅守了四個月后終于被破。
但攻打靈州，蒙軍比歷史上還多死了數千人馬。
成吉思汗屠盡靈州城近二十萬軍民瀉恨，率蒙軍團團包圍中興府。