4世紀以后，中日兩方面都陷入混亂，交往一度斷絕。
中國西晉王朝爆發八王之亂、五胡亂華，國際秩序崩塌，諸朝貢國一時無所適從；
日本則發生了受到內陸亞洲騎馬民族影響的高句麗、百濟的渡來人入侵，富含內亞風格的古墳文化取代了彌生文化，之前沒有過的馬匹也出現在日本。
日本天皇家族也有可能是隨著這一次朝鮮半島渡來人入侵而進入日本的。
有大和民族史詩之稱的記紀神話中，《日本書紀》記載的素戔鳴尊、《古事記》記載的瓊瓊杵尊都被視為天皇家族的始祖，這二者都與朝鮮半島南部頗有聯系。
素戔鳴尊曾經降臨新羅國，因不愿居住此地而東渡日本；
瓊瓊杵尊下降即所謂“天孫降臨”，其下降之地日向高千穂峰被記載為“向韓國真來通”，面向韓國，有學者據此認為《古事記》中的“日向”不處于今日九州東南部之日向國，而處于九州北部韓國對岸。
至東晉末年，才又有五位倭王進貢東晉、劉宋，即歷史上有名的“倭五王”。
不過，此時的大和政權得到歐亞大陸的騎馬技術后，以今日之日本近畿為中心，征服了日本的大片土地，在朝鮮半島南部也有伽耶、任那等殖民地或盟邦，實力強大，已非昔日卑彌呼之比。
倭王武（日本比定為雄略天皇）上書劉宋時說：
封國偏遠，作藩于外，自昔祖禰，躬擐甲胄，跋涉山川，不遑寧處。東征毛人五十五國，西服眾夷六十六國，渡平海北九十五國，……控弦百萬，義聲感激，……義士虎賁，文武效功，白刃交前，亦所不顧。
此時的倭國向劉宋稱臣進貢，是為了從南朝主導的天下秩序中獲取高于百濟的官爵，這樣的話，在與百濟爭奪朝鮮半島時可以獲得名分和號召上的加權。
而這種進貢也并沒有什么誠意，日本在國書中一方面炫耀自己的兵威，一方面又不待劉宋冊封而自稱“都督倭百濟新羅任那秦韓慕韓六國諸軍事”等官職，只是請求劉宋正式任命而已。
而在劉宋主導的國際秩序中，百濟的位置尚高于倭國，劉宋自然也沒有予取予求，長期不授予大和政權都督朝鮮半島軍事的職位，直到宋齊之間政局混亂時才同意倭國的要求。
由此可見，大和政權成立后，雖然一度仍向南朝朝貢，但卻顯示出與其他朝貢國非常不同的特點。
到了隋唐時代，改名日本國的大和政權這方面的特點更加突出了。
侯景之亂后，南朝衰弱，國際秩序瓦解，倭國不再向中國進貢。
隋朝統一中國之后，頻繁向東北亞用兵，此時倭國政治日益穩定，推古天皇于開皇二十年（公元600年）遣使出使隋朝，口氣極大，自稱以天為兄，以日為弟，以天子加太陽神自居。
與隋文帝楊堅的身份地位嚴重沖突，楊堅稱其說法“太無義理”，命令整改。
到隋煬帝時代，倭使的國書中又稱“日出處天子致書日沒處天子”，遣詞用平等的私人信件形式的“致書”而非表臣服的“上表”，且自稱天子，令隋煬帝楊廣十分不快。
不過楊廣水到連高句麗都拿不下，拿更遠的日本自然毫無辦法，只好掩耳盜鈴，命令鴻臚卿看見言辭無禮的表文不要再呈上。
不過，為了讓倭國不幫助高句麗，楊廣還是派裴世清與日使小野妹子一同去倭國報聘。
《隋書·倭國傳》中稱倭王對隋極盡謙恭，但《日本書紀》中僅記載裴世清對倭國大臣宣讀詔書，由其轉呈倭王，并無二人會面的記載。
而且當時的倭國的推古天皇是女性，裴世清對這樣新奇的情況全無記載不合情理，所以很有可能是《隋書》為自己臉上貼金。
不過此時中日之間畢竟又開始了友好往來，倭國再一次遣使時，雖然仍然強調與中國地位對等，但措辭中增加了尊重的意味，稱“東天皇敬日西皇帝”。
唐朝建立之后聲威遠布，倭國不得不與唐朝遣使往來，倭國對唐使高表仁賜以神社的“神酒”，參照平安朝日本對視為自己藩屬的新羅使節賜予神酒的慣例來看。
竟似是以自己為天下之中，而將唐朝視為四夷看待，倭國王子也與高表仁爭禮，導致出使不歡而散。