下令暫時封閉江淮地區的摩尼教寺院，名義上說“待回鶻本土安寧，即令如舊。”實則將其取締。
會昌三年（843年）唐大敗回鶻烏介可汗，詔令在長安及洛陽的回鶻及摩尼寺莊宅錢物等，由功德使、御史臺及京兆府各差官點檢收抽，錢物納官。
并“敕天下摩尼寺并令廢罷”，“有司收摩尼書若象，燒于道”，并令“天下摩尼師，剃發，令著袈裟，作沙門形而煞之”，僅京城一地，就有“女摩尼72人死，及在此國回紇諸摩尼，配流諸道，死者大半。”
兩年后唐武宗大規模“毀佛”，同時取締一切外來宗教，摩尼教等教徒被勒令還俗，充國家兩稅戶，外國人則送遠處收管。
摩尼教遭此打擊，在中國內地之勢開始轉向衰落。
隨著回鶻的西遷，摩尼教在中國西北一帶卻有了進一步發展，相當興盛。
五代兩宋時期，摩尼教與佛教道教進一步融合。北宋時摩尼教攀附道教，崇道的北宋統治者對其十分優容，在今福建、浙江、江蘇、江西和安徽等地十分流行。
南宋時期，東南一帶摩尼教更加活躍，名目繁多，淮南稱二檜子，兩浙曰牟尼教，福建曰明教等。尤以福建明教為盛。
當時摩尼教也常被農民用作組織民眾反抗封建統治的工具。
貞明六年（920年），后梁陳州人毋乙、董乙以摩尼教發動民眾造反。
后唐、后晉時農民利用摩尼教進行反抗斗爭之事亦“時復潛興”。
北宋末年，方臘以明教發動農民起義，攻占七州四十八縣，聲勢遍及今浙江、蘇南、皖南和贛東北。
后起義被鎮壓，明教亦遭禁止，北宋統治者將其誣為“吃菜事魔”的邪法魔教。但民間信仰明教的習俗無法禁絕，南宋時期仍有農民利用摩尼教組織民眾起義，摩尼教遭到更嚴厲的禁止，不得不轉入秘密傳教。
元初，統治者允許摩尼教傳教，東南一帶摩尼教得以恢復和發展。元中葉農民又利用摩尼教從事反抗斗爭，摩尼教于是再次被禁止，在民間轉入秘密活動。
明太祖惡明教上通國號，遂欲毀其宮宇，擯逐教徒。因一些大臣乞請保留，才置而不問。
但明初朝廷仍視明教為左道亂正之術，律令規定，凡以此煽惑民眾，為首者處以絞刑，從者杖責一百，流放三千里。
因此摩尼教至明代已趨衰敗，但民間仍有傳習者。清初沿襲明律禁止摩尼教。
摩尼教從唐以來，經歷代與佛、道等融合、變化，已逐漸從朝野記載中消失。</p>