還有一個最讓朱由檢為之頭疼的，便是和建奴之間的松錦大戰。
天災不僅對大明造成影響，對蒙古草原和建奴所在的遼東也沒有留情面，本就是貧瘠之地，沒有糧食的他們，只好再度將主意打到大明頭上。
史籍記載，皇太極吸取過去強攻寧遠、錦州受挫的教訓，制定了長圍久困、迫其出降的作戰計劃，命濟爾哈朗、多鐸等人領兵修筑義州城。
義州處于廣寧和錦州之間的大凌河畔，地勢開闊、土地肥沃，在此筑城屯田，實際上是建立了攻錦州的前哨陣地，同時一旦攻錦州，此地又是一個絕佳的后勤補給基地。
同年六月，皇太極指揮大軍兵臨錦州，開始圍城的持久戰。
這場戰役一共打了兩年，十四年，錦州東關守將吳巴什投降，建奴攻占錦州外城，填補護城河、毀壞城墻，將明朝的外援補給全部斷絕。
錦州守將祖大壽請求援救，朝廷命洪承疇領王樸、楊國柱、唐通、白廣恩、曹變蛟、馬科、王廷臣、吳三桂八總兵，步騎共十三萬，速會兵于寧遠，解錦州之圍。
可洪承疇不敢冒進，駐扎寧遠，以窺探錦州的態勢，終于在一個月后，洪承疇率八總兵，于錦州城南同建奴交戰，明軍士氣正銳，很是將建奴打擊了一番。
再一個月，皇太極親自急援錦州，雙方對峙半年之久，最后在十五年二月，隨著王樸的第一個逃跑，后面幾個總兵相繼奔逃，洪承疇突圍失敗，不久糧餉斷絕。
松山副將夏承德密約投降，以為內應，城陷，總兵丘民仰、王廷臣、曹變蛟被殺，洪承疇、祖大壽兵敗被俘，建奴占領了錦州，其次松山、杏山也相繼被占，至此，松錦大戰以大明的潰敗而結束。
史上評論，明清在遼西戰場的最后一仗，是皇太極一生軍事生涯中最精彩的一戰，也是中國軍事史上圍城打援的典范之例，從此之后，大明再未能有能力組織起對抗大清的有效反擊。
大明經此一役，元氣大傷，朝廷在遼東的最后防線，只剩下了山海關的吳三桂部。
松錦大戰的失敗，致使關外明軍精銳盡喪，松錦杏三城俱失，明朝在遼東的防御體系全面崩潰，除了山海關，僅剩下寧遠一座孤城，關寧錦防線徹底被摧毀。
之后，建奴大軍一點點蠶食，終將關外土地吃進，雖然仍有明軍殊死抵抗，卻已是無力扭轉局勢。
朱由檢剛踏上這片土地時，在山海關外同皇太極有過一次和談，可雙法都是清楚，那次和談對于雙方并無約束，不過是權衡利弊之后，各退一步罷了。
朱由檢也明白，十三年的天災當真如此嚴峻的情況下，建奴為了他們的活路，必定會對大明出手。
“六月...”朱由檢喃喃道：“還有半年時間可以做些準備，但愿能來得及！”
這些事梳理完畢，時辰已是差不多，朱由檢洗漱更衣，出宮前往祈年殿祭天，之后又前往太廟祭祖，一套流程結束回宮，已過了午時。
“陛下，先歇著吧！”昨夜陛下一宿沒合眼，今日又做了這許多事，龍體可吃不消，王承恩見朱由檢眼下青黑，實在有些不忍。
朱由檢“嗯”了一聲，將禮服換下，剛準備上床，卻突然停下腳步，“一個時辰后，你去替朕傳盧象升來，還有姜曰廣和宋應/星，算了，將閣臣們都叫來吧！”
朱由檢說完，朝王承恩揮了揮手，頭腦昏沉，得先睡一覺才能商議之后的事。
這一覺睡得很是香沉，朱由檢被王承恩喚醒的時候，尚未意識到自己身在何處。
“陛下，閣老們都來了，在殿外等候！”王承恩輕聲說道。
“哦，來了啊，”朱由檢點了點頭，才想起之前吩咐的事，“讓他們去暖閣候著，替朕更衣吧！”
暖閣中，幾個閣臣面面相覷，不知道大過年的，皇帝突然宣詔是發生了什么事？
“你們都不知道？”范復粹問道。