這個變動有些大，很多人有些接受不了。皇帝今天的改動實在太多，他們擔心這是個亂改官制的建文君，內閣首輔黃立極勸諫道：
“陛下，大理寺、太常寺重要，方能定為正三品。”
“光祿寺、鴻臚寺這些，不宜提升品級。”
光祿寺卿和鴻臚寺卿聽到這話，頓時氣得冒煙。其它部門都不說，就說他們兩個，這是看不起他們，不想讓他們辦事嗎？
但是想想光祿寺也就負責膳食宴席、鴻臚寺也就負責典禮儀式，他們實在提不起底氣，沒法理直氣壯地說自己和大理寺同樣重要，能和它們并列。只能眼巴巴地看向皇帝，希望皇帝獨斷。
朱由檢想了一下，沒有如他們所愿。他調整五寺的目的不是單純地為了統一品級，而是想讓這些寺分管某一個條塊，對相關事務進行專業管理。
以后他對大明的機構會做出更多調整，在調整權力分配的同時，提高管理能力。現在調整五寺這些朝廷邊緣機構，不過是開胃菜罷了。他要通過這件事，看看群臣對自己調整機構的態度如何。
從太仆寺開始，朱由檢逐個改動官職：
“太仆寺和太常寺一樣提升為正三品，原北京太仆寺卿、南京太仆寺卿不變，仍舊還是從三品，負責北方馬政和南方馬政。”
“各地行太仆寺、苑馬寺，以及兵部車駕司、各地茶馬司等與馬政相關的機構全部劃歸新太仆寺，統一全國馬政。”
“兵部車駕司的驛站郵傳等職責也由新太仆寺接管。”
這樣一個負責全國馬政和驛站郵傳的機構，足以成為正三品衙門。太仆寺是人人高興，覺得皇帝在提高他們的地位。
車駕司郎中在朱由檢任命他擔任正四品太仆寺少卿后，同樣高興不已。但是無緣無故丟掉一個司的兵部，就不是那么高興了。
雖然兵部尚書不在，侍郎也碌碌無為，他們卻還要爭一爭，免得兵部的屬官抱怨，認為他們窩囊，在兵部喪失權威。
面對這些人的意見，朱由檢想了一下，說道：
“兵部增加一個軍械司，專門負責火器等軍械制造。”
“現在先準備起來，具體如何設置，等專督軍械侍郎袁可立進京之后決定。”
“太仆寺卿可以在兵部右侍郎秦士文回京后，暫時由他兼任。”
“以后太仆寺由兵部督導，官員由兵部選任。”
這是給兵部增加一個附屬的正三品衙門，兵部如何不滿意。而且秦士文回京后兼任太仆寺卿，明顯是表示太仆寺雖然不是兵部直管，卻是兵部侍郎管理，和直管幾乎沒有什么區別。兵部再有不滿，那就不像話了。
而且軍械司的職責，也明顯不是車駕司能比的。損失一個車駕司，換來附屬的太仆寺和直屬的軍械司，他們當然能接受。
處理了太仆寺的事情，朱由檢將太仆寺、太常寺的正六品寺丞提升為正五品，但是原有官員品級不變，改任同品級的正六品主事，讓兩寺和吏部選拔官員，擔任正五品寺丞。
這下除了原本的寺丞變成主事有些不滿，其他官員都很贊同。尤其是六部主事和員外郎，想著去擔任寺丞也不錯，至少級別升了、寺丞這個名字也好聽。
考慮到太仆寺職權提升，太常寺如果不提升的話，排在它前面底氣不足。朱由檢將僧錄司、道錄司、祠祭司、文廟、城隍廟等和宗教祭祀有關的職能幾乎全部劃入太常寺，讓太常寺的職權大增，重新有了底氣。
同時，作為對禮部的安撫，朱由檢規定太常寺成為禮部遷轉機構，由禮部負責督導。
并且在禮部新設禮樂司，負責祠祭司遺留下來的擬定謚號廟號等職能，并負責整理樂曲舞蹈、民間詩歌、戲劇曲藝，宣傳精神文明，管理教坊司等。