設立衛尉寺后，第一個要確定的就是級別。
大明的五寺被朱由檢調整級別后，目前有大理寺、太常寺、太仆寺三個正三品衙門，光祿寺、鴻臚寺兩個從三品衙門。
因為是打算用從三品指揮同知提督，衛尉寺的級別，被朱由檢定為從三品。
群臣對此有些異議，因為他們很想將衛尉寺定為正三品，以錦衣衛指揮使擔任衛尉寺卿。
這樣即使皇帝另外任命錦衣衛掌印，錦衣衛明面上也有了兩個指揮使，衛尉寺卿可以在他們支持下和錦衣衛掌印爭權。
朱由檢當然不允許這樣的事情發生，主動壓低了衛尉寺的級別，將它定為從三品。
面對群臣將衛尉寺定為正三品衙門的要求，朱由檢道：
“衛尉寺卿提升為正三品也可以，但是要列入刑部侍郎候選，可以轉任三法司官員。”
“如果你們同意這一點，朕就定為正三品。”
群臣這下不說話了，六部侍郎和尚書、大學士一樣，都是他們的自留地，需要廷推任命。
如果將衛尉寺卿列入刑部侍郎候選，并且能轉任三法司其他部門。那就多了一群爭奪官位的錦衣衛官員，外面的文官能罵死他們。
但是不答應這一點，皇帝又以名不副實為由，不同意將衛尉寺卿定為正三品。
這讓他們只能作罷，把衛尉寺定為從三品衙門。
如此一來，衛尉寺卿想要升遷，仍舊是擔任錦衣衛指揮使。這個職位的任命權，完全在皇帝手里。
皇帝掌握著衛尉寺卿的前途，自然能對其約束。而不像以前那樣，對錦衣衛指揮沒有任命權。
作為從錦衣衛分出的新衙門，群臣現在都沒有認識到衛尉寺的重要性，但是以后他們就會知道了。
這是公檢法中最重要的公共安全機構，放在后世通常都要兼任政府副長和政法委副書記——
職權比檢察院、法院這樣的獨立機構還要大！
所以朱由檢才才不惜拋出衛尉寺卿和少卿的任命權，也要在外廷設立這個衙門。
獨立任命屬官的權力，也可以在衛尉寺設立垂直管理的地方機構時，直接在錦衣衛內部任命，不受外廷干涉。
這是他手中最鋒利的一柄刀，他要握緊刀把子：
『軍隊是槍桿子，政法是刀把子。』
『和平年代通常不需要動兵，執法機構更重要！』
對這個認識很清楚，所以朱由檢把錦衣衛向情報機構和公共安全機構轉型。完全體的錦衣衛，將擁有情報中心、總隊武裝、以及衛尉寺執法權。權力之大，連朱由檢自己都有些害怕：
『大明的文官，根本不知道這是什么樣的怪獸。』
『就是袁可立這樣的能臣，囿于時代也看不出來。』
『擁有武裝和執法權的情報機構，在任何時代都非常可怕。』
這樣的情報機構，可以稱為克格勃，更可以稱為內務部。后世的絕大部分國家，都不允許這樣的機構存在。
朱由檢設立這樣的機構，是為了在必要時清理朝堂，甚至用錦衣衛和效忠自己的衛所世官，重新打下天下。
這是最深層的目的，目前看來還不需要。
所以朱由檢在設計之初就對錦衣衛加以限制，把它分割為相對獨立的四個司房。
同時派出太監約束，由內廷掌握錢糧發放。
錦衣衛官員也多用衛所世官，保證他們有較高的忠誠度、背叛成本極大。
只是即便如此，朱由檢還覺得不保險。在群臣的要求下把衛尉寺卿和少卿任命權拋了出去，給外廷開了一個口子，以便在必要的時候，用外廷約束錦衣衛——
如果錦衣衛以后尾大不掉失去控制，只需要放開對衛尉寺的保護，外廷就會把衛尉寺奪過去，廢掉錦衣衛執法權。