“外廷有吏戶禮兵刑工六部和都察院。”
“如今內廷的司禮監相當于禮部和內閣、翰林院、國子監。御馬監相當于兵部。都知監相當于都察院。”
“御用監和內官監的原本職責相當于工部，增設的內官司相當于吏部。”
“刑部在內廷不需要，三法司事務都交給都知監就行了，執行和審判讓錦衣衛監負責。”
“最后還缺少的，就是內廷戶部。”
仿照外廷整理內廷官職，朱由檢下令道：
“內府供用庫等庫，合在一起設立內府監。”
“內府監設府庫司、財務司。府庫司掌管府庫，財務司負責收支。”
“內廷收支用度，以后歸內府監。”
想著王朝用去張家口后，能把王承恩換回來，朱由檢任命道：
“內府監暫時由王文政掌管，審查各府庫人員。”
“待王承恩回京后，讓他擔任掌印。”
“順天銀行、寶和六店等機構，也暫由內府監兼管。”
這樣內廷的機構就完整了，沒有明顯缺陷。
但是十二監四司八局，再加上御藥房、三經廠等衙門，實在有些太多，朱由檢感覺自己不可能直接管理那么多衙門主官。
再加上內廷的原有關系要打亂，人員也要精簡，這讓朱由檢下決心把它們打亂重組，明確權責歸屬：
“惜薪司、混堂司、寶鈔司、銀作局、兵仗局、盔甲廠、王恭廠，歸內府監兼管。”
“鐘鼓司、更鼓房、刻漏房、彈子房，歸御用監兼管。”
“浣衣局、巾帽局、針工局、內織染局、織染所、篦頭房，歸尚衣監兼管。”
“酒醋面局、司苑局、甜食房，歸尚膳監兼管。”
“靈臺、道經廠、漢經廠改稱佛經廠、番經廠改稱西經廠，歸司禮監兼管。”
把四司八局和其它衙門劃歸各監兼管，朱由檢擔心又遺漏，詢問劉若愚道：
“還有什么衙門，沒有確定歸屬？”
劉若愚一邊記著，一邊盤算了一遍，說道：
“還有御藥房、御茶房、御酒房、安樂堂、內安樂堂、凈樂堂、西山陵墳、貓兒房、牲口房、花房等衙門。”
朱由檢微微點頭，說道：
“御藥房、御茶房、御酒房，由乾清宮管事司房，兼任御用監提督太監。”
“安樂堂、內安樂堂是給宮人治病，歸御藥房兼管。”
“凈樂堂、西山陵墳負責宮人喪葬，歸內官監兼管。”
“御藥房、御茶房、御酒房相互監督，還有監督御用監、尚膳監、尚衣監職責，凡是送到御前的，都要仔細查驗。”
特意留下這三房，直接讓身邊人掌管。朱由檢對自己的安全，可謂慎之又慎。
其它衙門，朱由檢讓劉若愚調整時具體處理。像貓兒房那樣的玩物就歸入御用監，牲口房歸入御馬監，洗帛廠歸入尚衣監，園果廠和花房歸入尚膳監。不能有一處遺漏，都要確定負責人。
然后就是外差，派遣到宮外的鎮守太監、宮門的掌門官等，仍是司禮監負責——
內廷其它衙門管不到的事情，都由司禮監管。
至于宮內的女官，六局的職權早已被交給宦官，只存尚寶四司，朱由檢沒有改變。
只是以魏忠賢和客氏謀逆的事情，強調宮正司要和都知監一起糾正宮中陋習，像是對食、菜戶這樣的事情，以后在宮中決不允許。
宮女沒有品級的，到了一定年齡就放出宮，另外選人替代。不能讓太監和宮女合謀，在宮中盤根錯節。
這樣一來，內廷衙門就大致理順了。有司禮監、御馬監、都知監、內官監、御用監五監被朱由檢重用，尚膳監、尚衣監兩監相對重用。
還有司設監、尚寶監、印綬監、神宮監、直殿監五監，仍是原本模樣。
增設的內府監朱由檢不打算全用宦官，和上林苑監、錦衣衛監、欽天監一樣，兼用宮外人員。
內府監負責工業商業財務，上林苑監負責農業土地屯田，錦衣衛監負責情報侍衛，欽天監負責天文歷法。
這些監合在一起，并稱內廷十六監。細分為宮內十二監、宮外四監。
四司八局雖然仍舊存在，卻淪為附屬衙門。十二監四司八局并稱二十四衙門的舊事，自然不復存在。
確定這些衙門之后，朱由檢又正式設置官職，下令道：