然而朱由檢話都說到這份上了，畢自嚴卻還是執意不走，跪奏曰：“啟稟陛下光宗皇帝體素弱，即位之時已病深，又日幸數人，方首輔準李可灼進藥，實乃御醫已無計可施，不得已而為之，并非某些小人所言的蓄意弒君。
至于先帝，亦是太醫失治，并非鬼蜮伎倆。
臣伏祈陛下萬勿輕信坊間流言，因而對臣子心生懷疑，以至于君臣之間互生猜忌。”
朱由檢略帶嘲諷地說道：“這不是坊間傳言吧，百官不是上疏指責魏忠賢弒君么？可是我皇兄臨死之前囑咐我應當‘善視中宮，及善事中貴’，說魏忠賢可用啊！”
“陛下明鑒！此等言語不過是心胸狹隘之徒為黨爭而捏造的攻訐之辭。
再者說，縱陛下心有顧慮，如今業已手握大軍：白桿衛隔絕內外，宿衛宮中，足可保陛下無虞。且在外各省總督、各鎮總兵，皆忠于大明、忠于陛下。
陛下即位乃天命所歸、正統所在，又兼掌軍權，名實皆在握，何須如此謹小慎微？
國家正值多事之秋，外有強虜環伺，內有匪患未靖。
滿朝文武缺員甚巨，六部諸司多有廢弛，竟至不能循常理事。
可憐天下黔首，陷水火之中，朝不保夕，生不如死。陛下乃天下臣民之君父，豈忍見百姓遭此涂炭？
臣懇請陛下振作精神，率我大明臣子，共圖中興大業！“
朱由檢不是第一次聽到臣子勸說他要勤勉奮發做一個好圣君了，但大部分時候他都是當做耳邊風，沒有帶聽一下的，勸諫的奏疏也被他當廢紙丟地上。但是現在他卻有些動搖了。
難道真的只是他虛空打靶，給自己樹立了一個不存在的敵人嗎？！這幾個月雖然跟朝臣各種拉扯，動不動就吵架，但他確實平安度過了，并沒有遭受刺殺，又或者是他已經把危險消滅于未然了。
他不愿意將所有的事情用陰謀論來解釋，但是父親和哥哥的死確實讓他感到害怕。
朱由嘆了口氣說道:“朕且信你所言，然滿朝皆反對你的計策，你欲如何推這變法，難不成要朕將反對者盡皆杖斃不成？
便算明面無人抗旨，若都消極怠工又當如何？
更兼若有人借機加倍行事，如宋時青苗法般，逼百姓借貸致家破人亡，又該怎生收場？”
“陛下可借官吏遷謫之權柄推動革新。
目今朝堂官缺甚廣，正可將那銳意革新、力挺變法者擢拔至要職，將那阻撓變法、暗中使壞者貶黜外放。
至于變法之初，必有群僚阻撓，此乃常理。昔年先秦秦孝公變法，宗室貴胄盡皆反對，然孝公強行推行，終使秦國強盛，一統六合。
陛下當效孝公之果斷，以雷霆手段壓下浮議，方能讓新政落地生根。”
“畢自嚴啊，你若欲效那商鞅行事，須當知曉，商鞅的下場可不怎么好哇！”朱由檢搖了搖頭說道。
畢自嚴說道：“微臣非商鞅之流，斷不會知法犯法、作繭自縛。今陛下正當盛年，龍體康健，而微臣已鬢染霜雪、垂垂老矣。況陛下素來仁厚寬慈，微臣實無驚懼之心。望陛下明察。”
朱由檢沉聲問道：“朕如何知你這變法可有成效、能否成氣候？”