一枚奇怪的綠色針管，這次將要圍繞著它展開一系列的案件。
我是高中生偵探，工藤新一。某天和青梅竹馬兼同學的毛利蘭一起去游樂園玩時目擊了黑衣人的可疑交易現場，當時我只顧著偷看交易。
卻忽略了從背后而來的另一個同伙。我被那名男子灌下了毒藥，等我醒來之時….
我的身體已經縮小了，要是被他們發現工藤新一還活著。不但我的性命難保，還會危害到我周遭的親人。在阿笠博士的建議下，我隱瞞了身份，當小蘭見到我問起我的名字時….
情急之下，我化名為江戶川柯南。
為了搜集那些組織的情報，住進了父親以偵探為業的小蘭家中。
目前知道我的真實身份的人有阿笠博士、發小圭真涅，和同樣身為偵探的服部平次以及其他的一些人。
還有一個人，不知道從哪里得到的消息….
“一二三四五六….一二三四。”
鈴木集團的顧問鈴木次郎吉一大早的在外面做早操，年紀72歲，這么大了任然堅持鍛煉。意志很堅定，身旁總跟著一條打扮精神的狗。
“不好意思。”
早上踢球的小孩不小心把球踢了過去，鈴木次郎吉看著腳邊的球彎腰撿起來并且還給孩子。
“謝謝。”男孩感謝完后轉身離開。
她是蘭的好友鈴木圓子的父親的堂兄，擔任鈴木集團的顧問。夸稱自己想要的獎項皆已到手，所有夢想都已經實現的這位老先生。
目前則執著于要和怪盜基德一較高下，同樣也是我比較在意的對手。怪盜基德的每次出手都是以寶石為目標，雖然不是什么特別壞的家伙，但作為偵探，我也要盡快把他抓拿歸案。
還有就是他也是知道我工藤新一的真實身份的一人。
而且現在比起他我更在意的是那些家伙。就是那群炸毀研究所，將危險細菌帶走的恐怖份子們。
他們究竟有什么目的？身體雖然變小，但頭腦一樣優秀。任何難題都能解開的名偵探，真相只有一個！
呼呼呼——
巨大的飛艇飛在空中，穿過云霄，下面的風景都變得如同沙盒一樣。
“是熱帶樂園！”小島元太一臉開心的貼著玻璃看著下面的景色，看到了最熟悉的那個熱帶樂園。
“城堡看起來好小哦。”
“整座樂園就像是模型一樣。”
小島元太既然在這里，其他人當然也在了，圓谷光彥和吉田步美站在旁邊直呼好看。
“嗯，真是絕景啊。”鈴木圓子彎腰看看發現下面的景色確實好看。
“對吧，真涅….”回頭一看發現圭真涅已經被小野櫻子拉著胳膊離開了，他們的背影看起來總讓那么羨慕。
“那個小子，不知從哪找個女朋友出來，最近一直不理我。”鈴木圓子盯著他們的背影瞇著眼睛抱怨。
“呵呵，真涅也長大了呢。”毛利蘭一臉微笑的站在旁邊說道。
“你不也有了自己的王子么。”
“哈？你在說什么？”毛利蘭沒有反應過來。
“新一啊，工藤新一。”
“誒？”毛利蘭瞬間臉色一紅。
“真是讓人羨慕，你們都已經找到了自己的另一半，而我的基德大人還不認識我。”鈴木圓子最近是基德的小迷妹，被他那帥氣的白色打扮所迷惑。