同時在鄂州建立后勤補給基地，由湖廣置司負責籌集調撥物資，支援對川蜀作戰，而朝廷則通過減免稅賦和調撥資金予以支持，不增加湖廣百姓的負擔。各軍在接到命令后務必于五月達到鄂州集結，整編后即刻投入訓練。由于當下已經漲水，溯流而上行舟困難，因而暫定在九月出兵，那時上游雨季結束，水流減緩，但水深可行大船。
一連十數日，趙昺接連簽署數道命令，調集部隊出征。這天他忙乎完公務，天已經黑下來，他出了門卻聞到一股臭味。起初他還以為是哪個不長眼的貓狗在周圍拉野屎，可小黃門們尋了一圈也沒找到，可趙昺走到湖邊臭味更濃，這才意識到宮中彌漫的臭氣是來自于湖水。
趙昺有些納悶，北宮后苑的小西湖中的水源自城外的西湖，通過水道引導這里的，并非是一潭死水，且去年大修時才剛剛清理過的湖底淤泥，湖水怎么就臭了呢帶著疑問第二天，他親自乘著小舟在湖中轉了一圈，沒有發現有大量的死魚死蝦和能夠發出臭氣的水生植物，這也就表明臭氣不是自產的，而是由源頭帶來的。雖然這臭氣不至于熏死人，可自己堂堂一個皇帝整日守著一潭臭水過日子，怎么也不舒服啊
于是趙昺急令臨安知府蔡完義進宮覲見，一問之下才知事情大了。由于前期臨安陷于敵手，疏于管理，導致城中水道淤塞，水質惡化，民眾屋舍侵占河道，加上沿河居民多將糞土瓦礫拋揚河內，也會導致城區水道壅塞，水流不暢，兩岸居民節次跨河造棚，污穢窒塞，如溝渠然，水無所泄，氣息蒸熏，過者掩鼻”，成了臭氣熏天的臭水溝。使得情況更加嚴重。
收復臨安后，雖然加強了管理，并進行了疏浚，但仍有人家偷偷將污水排進河道中。且還都后，大批官員和軍隊的入駐，人口暴增，也是導致河道污染的原因之一。此外，在蒙元占領期間，許多人趁亂買了湖邊地，甚至是巧取豪奪，他們臨湖建設園舍，種植菱藕，倒入糞便垃圾，西湖勝境也面臨水污染的威脅。
趙昺聽了大驚，西湖不僅是杭州城的觀光勝地，也是全城人的水源地。且朝廷還在湖中設有酒廠，用湖水釀酒，且這酒還是供給皇家祭祀之用的，想想拿著臭水釀的酒給祖宗喝就已經夠惡心的了，更不要說自己喝的酒也是產自其中。而他知道水源被污染，最容易引發瘟疫，要是在人口如此密集的地方爆發，死的那就是以萬計了，而非十個八個的了。因此治理水污染已經是迫在眉睫的事情，絕不能再任由情況發展下去