當然了，方正表面上對綾波麗說教她的冥想是一種控制自我精神的技術，事實上這卻是來自主世界的施法者們經常用到的。畢竟主世界有不少靈魂系的法術，法師自己也會偶爾靈魂脫體，冥想對于法師來說有鞏固自己精神與意志，同時融合與掌握靈魂的效果。
對于是否會有用，方正并不擔心，雖然綾波麗擁有莉莉絲的靈魂，但是莉莉絲的靈魂并沒有意志，可以說是白給的。
用武俠的話來說就是，綾波麗一覺醒就獲得了莉莉絲一甲子的功力，可惜的是她不知道口訣，不明白該如何使用這些功力。而方正所要做的就是把這部分欠缺的補完掉，讓綾波麗逐漸消化莉莉絲的靈魂力量，然后再借助這股力量反過來控制碇唯的身體。
這樣一來，原本分離的身體，靈魂和自我，就會再次融合了。
事實也和方正預計的一樣，在接下來的一個星期里，綾波麗發生了非常明顯的變化。
或許是從冥想之中感受和掌握了力量的緣故，綾波麗的自我意識開始變得更加清晰，從最初對方正勸她吃肉只是沉默不語，到現在可以明白無誤的說出“我不想吃”就是一個進步。不僅如此，就連NERV的其他人也察覺到綾波麗有所改變了。
以往的她只會像機器人一樣按照她們的命令去做，但是現在很多時候，她居然會提出自己的疑問和想法了。
這讓很多工作人員都大為吃驚的同時，對于方正的評價也更高了。畢竟NERV的工作人員也都是知道EVA的事情的，讓一個性格別扭的人駕駛EVA，就算嘴上不說，他們內心深處還是會感到不安的。現在看到那個平日里總是一副對誰都不感興趣的女孩子這么快開始變得更容易接觸了，他們也是頗為安心了許多。
只不過讓碇源堂看在眼里，卻是痛在心里啊！
你拿我的經費，住好房子，買好車，還和我的女人同居！
更讓碇源堂心痛的是，現在綾波麗明顯更喜歡跟在方正身邊，而不是自己！就像之前的特殊檢查結束之后，碇源堂下意識的邀請綾波麗一起去吃飯，本來碇源堂認為綾波麗一定會同意的，結果綾波麗居然表示“方正二尉已經準備好了午飯，自己要回家了”。
然后直接就走了！
當時氣得碇源堂差點兒就心臟病發作了！
碇源堂怎么都想不明白，為什么綾波麗對其他人都不假辭色，偏偏對這個方正這么親？
他當然想不明白了，綾波麗之所以親近方正，一方面是方正插手和管理了她的生活，她當然要聽從命令。
另外一方面就是———方正擁有秩序刻印。
沒錯，和之前那個世界的珂朵莉等人一樣，方正也從綾波麗的身體中感受到了秩序坐標的氣息。
所以莉莉絲的身份就可以實錘了。
在那個世界里，秩序女神送的坐標是星神，那么在這個世界里，秩序女神就是把莉莉絲當坐標送過來了。
只不過就和星神的靈魂碎片被拿去做了黃金妖精一樣，這個世界的莉莉絲的靈魂也被塞到綾波麗的身體里了。
秩序坐標和秩序刻印是會互相吸引的嘛，所以綾波麗親近方正也就很正常了。
就這樣過了一個星期。
終于，對于綾波麗來說———命運的日子到來了。
零號機的初次啟動試驗，即將開始。