而張居正同樣也在吏治上下令狠功夫，那就是實行綜核名實，采取考成法考核各級官吏，使得大明政局為之肅然。
張居正的一生確實也讓其曾祖父希冀的那般光宗耀祖，同時張居正還使得大明王朝國服強兵，使得朝廷政令雖萬里外，朝下而夕奉行，從此明朝便在朱祁鎮和朱厚熜兩度重創下煥發生機。
只是這樣的生機來得艱難，卻消逝得十分之快。
萬歷十年六月二十日，太師兼太子太師、吏部尚書的張居正病逝，享年五十八歲。明神宗朱翊鈞為張居正輟朝，贈上柱國，謚號文忠。
聽到神仙說張居正死后得到“文忠”這個頂級謚號時，明神宗之前的諸多皇帝臣子都不明白為何神仙會覺得張居正很可惜。
明明這張居正已經走在臣子的巔峰時刻，一人之下萬人之上，這再要往上走，那可就是皇位了。
而且五十八歲也很不錯了，畢竟很多人在而立之年就死了
即便是強大如秦始皇，也是只活了四十九歲
秦始皇嬴政“”提朕早死一事，是想要夷三族嗎
如果歷史進展到張居正死的那一天為止，那也算是一個圓滿結局。但歷史顯然要殘酷許多，因為在張居正逝世后的第四天，御史雷士幀等七名言官就彈劾潘晟，而明神宗朱翊鈞也很是干脆利落的讓潘晟致仕。
潘晟作為張居正生前極力推薦的重臣，他的致仕就意味著張居正已經失去皇帝的寵信，同時也在給朝野上下發出一個暗示，那就是清算張居正的時候到了。
于是朝中言官很快就把矛頭指向已經去世的張居正，
明神宗朱翊鈞的動作很快，又或者應該說，他等這一天已經等了很久。明神宗朱翊鈞下令對張居正抄家，并削盡其宮秩，迫奪張居正生前所賜璽書和四代誥命，更是將張居正以罪臣的身份狀示天下。
張居正的家屬或餓死或流放或病死，連張居正本人的尸首也是差點慘遭開棺鞭尸，若非朝野上下議論聲過大，百官中有諸多人勸阻，怕是張居正估計都會被挫骨揚灰。
除此之外，張居正在世時所用的一批官員有的削職，有的斬首，有的罷官，反正就是基本沒有一個是有好下場的。而張居正所推行的一切國策，都在張居正死后，被充滿報復心的萬歷皇帝全部推翻，致使剛剛煥發生機的大明王朝再次落入谷底。
從這一點來看，萬歷皇帝朱翊鈞并不是一位明君。
還在努力為大明社稷效命的張居正聞此言，當即便愣住，可以說張居正此時雙手雙腳都在發冷他可以接受萬歲對他的一切清算，可為何要罪及家人還如此沖動行事，把所有利于國家利于萬民的賢才忠臣和良策都給罷免取消
張居正根本不明白自己何處被萬歲如此仇恨，居然是到了這等可怕的地步
無力去在意周圍文武百官看過來的異樣目光，張居正第一次怔愣的望著皇位之上的新帝但只有十一歲的新帝卻只能眼神中帶著信任和怯弱的回視張居正一個不明所以的微笑。
這樣信任的目光往日只會讓張居正覺得為國為民為君肝腦涂地死而后已都可以，但現在心神大亂的張居正卻看到皇帝眼神之中的害怕和畏懼。
張居正不覺得自己會做任何欺君之事，那為何皇帝會害怕，甚至是畏懼他
張居正不明白，但精衛可以給張居正解釋。
萬歷皇帝對張居正惡意和仇恨如此之大，皆是因為三個原因第一是張居正作為一個直言不諱且忠心耿耿的臣子，他對待年幼的萬歷皇帝，一向都是極為嚴格，；第二則是與李太后有關，萬歷皇帝幼時不愛學習讀書，還十分頑劣，于是無可奈何的李太后只得用威嚴肅正的張居正來嚇唬年幼的新帝，久而久之，萬歷皇帝對于張居正就留下極為深重的幼年陰影。
也正是因為如此，在張居正沒死之前，萬歷皇帝都是對張居正極為信任和敬重，可一旦張居正死了，一個死人是不可能讓一個皇帝再害怕畏懼，于是積累多年的報復便傾瀉而出。