梃擊
梃擊案
梃擊案發生于1615年萬歷四十三年五月。一天，有個男子手持棗木棍，從東華門直奔內廷，闖入皇太子常洛居住的慈慶宮，打傷了守門的侍從，一直闖到前殿檐下才被抓住。神宗下令審訊。負責審問的浙黨官吏，說這個名叫張差的男子是個瘋顛病人，企圖糊涂結案，而內閣首輔、浙黨首領方從哲也不提出深究。東林黨人、刑部主事王之寀通過單獨提審和與刑部許多官員共同審訊，迫使張差供出是名叫龐保和劉成的兩個太監，“令我打上宮門，打得小爺指太子，有吃有穿”。這兩個太監是鄭貴妃宮內的。朝中的東林黨人和不少官員據此推斷，這是出于鄭貴妃及其兄鄭國泰的陰謀，于是堅決要求徹底追究。神宗只得親自出面，在慈寧宮召見群臣，下令立即將張差斬首，又把鄭貴妃宮內參與此事的兩個太監在內廷打死，草草了結了這件大案。而王之寀遭到反東林黨一派官吏的攻擊，神宗將他削職為民。
紅丸
紅丸案
1620年萬歷四十八年七月，神宗病死，皇太子朱常洛繼位，是為光宗。1620年萬歷四十八年八月，光宗得病，宮廷醫生崔文升進了泄藥，光宗服后病勢加重。鴻臚寺丞李可灼自稱有“仙方”，光宗服了他進奉的兩顆紅丸后，不出一天，在1620年萬歷四十八年九月初一日突然駕崩，于是廷臣大嘩。首輔方從哲還擬旨賞賜李可灼白銀五十兩，更激起了朝臣的責難。東林黨人楊漣、惠世揚、高攀龍等先后上書，指出故意用泄藥的崔文升是鄭貴妃心腹，責問方從哲為什么加以庇護。還聯系梃擊案，聲稱張差謀逆，是鄭國泰主謀。由于鄭氏集團和方從哲的阻撓，此案未予追究，直到1624年天啟四年，朝廷才判處李可灼遣戍，崔文升貶謫到南京。
移宮
移宮案
光宗剛剛繼位時，鄭貴妃為了控制他，將自己宮中的李選侍選侍是沒有封號的宮嬪送給光宗，很得光宗的寵愛。光宗死后，由十六歲的皇長子朱由校繼位，李選侍也應立即遷出宮內正殿乾清宮。李選侍企圖挾制朱由校以弄權，仍與朱由校住在乾清宮，不肯遷出。她還讓心腹太監盜竊宮中珍寶去賄賂首輔方從哲；又放出空氣說皇長子年幼，宜由李選侍以太后身分垂簾聽政。東林黨人楊漣、左光斗等人指出，皇長子已經成人，并揭露說，這是“將借撫養之名，行之實”。惠世揚更大膽指斥“李選侍原為鄭氏私人，麗色藏劍”，并指責方從哲通過內監得賄，同她勾結。在這場爭議中，鄭貴妃、李選侍、方從哲不僅理虧，而且他們當時還沒有掌握最高權力，所以東林黨人終于占了上風。李選侍移出了乾清宮，朱由校在東林黨人支持下，擺脫了鄭貴妃、李選侍的挾制，于1620年萬歷四十八年九月初六日即位，是為明熹宗。
爭京察