在圍繞皇位繼承權進行爭斗的同時，東林黨人同反東林各派展開了尖銳的權力之爭。這表現于許多方面，主要是爭“京察”。京察是明代考核京官的一種制度，規定六年一次，稱職者予獎或晉升，不稱職者處罰或斥退。爭京察就是爭朝廷的人事大權。1605年萬歷三十三年的京察，由東林黨人、吏部侍郎楊時喬主持。他在京察中提出要處分的人，有幾個是首輔沈一貫的黨羽。沈一貫的黨羽錢夢皋等人受到包庇，未遭處分，而楊時喬反被嚴旨斥責。不過，東林黨人和其他一些朝臣一再奏劾沈一貫遍置私人、欺上瞞下，沈一貫也被迫謝病不出，于次年退休。1611年萬歷三十九年京察時，東林黨人、大學士葉向高主持朝政，這一次，齊、楚、浙、宣、昆等黨一些人物被罷了官。但在南京則出現了另一種局面。原來明朝明成祖在1421年永樂十九年從南京遷都北京以后，仍在南京時稱留都保留了一套中央官署。這次在南京主持京察的，是齊、楚、浙黨方面的官員，他們排斥了所有支持東林黨領袖李三才的東林黨一派的人。1617年萬歷四十五年京察時，方從哲秉政，齊、楚、浙等黨多居要職，于是又排斥了東林黨人。終萬歷一朝，東林黨人大部分時間不掌握朝政，所以在京察中基本上處于不利的地位。他們支持熹宗繼位后，才受到重用。1623年熹宗天啟三年，當時東林黨人葉向高是首輔，趙南星則以左都御史身分參與主持京察，他痛斥齊黨亓詩教、楚黨官應震等人，堅決罷了他們的官。
政治思想
一、反對空幻虛無、談空說玄。
東林學派以東林書院為陣地，通過講學、論辯、研討、撰文、出書，對王陽明“心學”及王學末流在道德修養和認識論方面宣揚的種種虛、空、玄的主張和說教進行猛烈的抨擊和批判，從而推動了實學思潮的高漲。
二、提倡求真務實、實學實用。
盡管東林書院和我國古代其他書院一樣，講學和學術研究的主要內容也是儒家經史著述，但其不論在內容上、形式上和方法上都針對性、實用性較強，強調從實際出發，注重講實學，辦實事，有實用，求實益。這一點在東林書院的組織管理、規章制度、講學和學術研究的內容、方法，以及關于東林講學活動情況和顧憲成、高攀龍等東林領袖生平言行的記載中，都有比較清楚的反映。諸如東林書院會約儀式第一條強調，會講屬業余自愿性質，所以參加會講的通知不必要求每個人都來參加。第三條規定，舉行會講時，主持會講的會主由大小會公推產生，根據實際需要，由不同學者擔任；第四條規定，每次會講推舉一人講大學、論語、中庸、孟子即“四書”中的一段內容，然后大家“有問則問，有商量則商量”。第十一條強調要盡量簡化來與會的學人之間的交拜手續，不搞繁瑣的禮節和形式主義。
開放言路，反對宦官干政，反對礦稅，是東林黨的三項具體主張。
明朝中期以后，江南地區的商品經濟和工場手工業更加發展。在一些工商業發達的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，開始形成為一支新的社會力量，給當時的社會矛盾和斗爭帶來了新的影響。東林黨就有不少人是中小地主兼營工商的。他們有的人突破了傳統的農為國本的經濟思想，提出了工商皆本的新觀點。如趙南星說“士農工商，生人之本業。”李應升反對關卡重重、商稅繁多，要求執政者“愛商恤民，上不妨工而下利于途指販運”。
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