還有另外一個組織——seele！它是一個神秘且具有巨大影響力的組織。
seele早在“第二次沖擊”之前就已存在，是不為世人所知的秘密結社組織，觸手遍及世界各地，能干涉聯合國事務。其中心人物是基路·洛侖茲，最高層成員人數不明。
seele的目標是遵循“死海古卷”的劇本，通過引發“沖擊”事件來啟動人類補完計劃。他們想exterminatealllifeonearthandrepceitwithlifeformsbornwiththe“fruitoflife”，即消滅地球上的所有生命，用帶有“生命之果”的生命形式取而代之，人工促進人類進化為完全的神。
與nerv的關系，seele是nerv的幕后操縱者，通過掌控nerv來推行人類補完計劃。”
說完這些，加持停頓一下，對大家說：“怎么？是不是覺得很荒謬？但這就是事實，我手上的證據多的是。畢竟我是在你們碇司令身邊的人，事到如今我不得不說出這些。所以大家趕緊組織起來，把總部能用的上東西轉移走，這里已經不能再待下去！”
整個指揮室的人們議論紛紛，但看到碇源堂拿出一份補完計劃的復制文件u盤放上屏幕，大家這才相信。
赤木律子呆呆看著屏幕上的一句一言，她內心的大廈瞬間崩塌。
中央教條區域入口
特號機x從入口一躍而下，背后的兩個渦輪噴氣發動機一聲轟鳴，在留下一個團霧氣直接加速沖下去！
轟！！！
黑之月核心處，黃哲田感受到腳底下的地面正在明顯上升！
被朗基努斯之槍釘在十字架上的莉莉絲被第十二使徒入侵的mark.06機體拔出來。
此時的六號機手上拿著一把渚薰從月球帶來的卡西烏斯之槍，另外一只手拎起被它砍下莉莉絲的頭顱。
失去頭顱的身體，脖頸缺口的鮮血像瀑布一樣，嘩啦啦流下來。
黃哲田看后發現還有一把朗基努斯之槍沒有出現，掃描眼一看，長槍插在莉莉絲的腳底面上。
體型有些變大的六號機頭頂處呈現一個大型光環，六號機被十二使徒控制后整個機體硬生生鉆入莉莉絲的脖頸里！
它要開啟第三次沖擊！
生命果實和獻祭一個使徒以及回歸亞當融入莉莉絲各種條件都具備，接下來就是打開guf之門！
黃哲田控制特號機x飛向莉莉絲腳下的朗基努斯之槍，一把撿起來來到巨型化的六號機面前，對準六號機腦門用力一戳！
叮——哐！！！
特號機x全力一擊被六號機手中握住的卡西烏斯之槍一個撞擊錯開，緊接著六號機眼手掌粒子變形，亮起一個十字架光柱！
轟——轟！！！
從六號機變形的手掌發射出的一道鐳射激光擦著特號機x頭部打向后方，爆炸的熱浪在特號機x身后墻壁升起！
特號機x把朗基努斯之槍抽回來，后退一步后觀察四周。
原著中的加持能用飛行器來阻止被第十二使徒控制的六號機發起第三次沖擊，那一定有原理。
那時候的渚薰很可能參與進來，就算六號機被第十二使徒控制。加持也沒那個能力封印得了，肯定是有渚薰的幫助下才能完成！
只不過自己到來后出現了蝴蝶效應，劇情大概有偏差改動。
用卡西烏斯之槍轉化為朗基努斯之槍，兩把長槍對應封印住六號機和莉莉絲。
停止第三次沖擊儀式，就要從六號機手上奪取卡西烏斯之槍！
nerv總部地上新第三東京城市
大地裂開，紅色反核污染急劇占領日本每一寸土地，綠色的十字架（靈魂之光）密密麻麻拔地而起。
被第三次沖擊儀式召喚出的guf之門遮住整個天空，并且還在不斷擴大范圍！
在新第三東京城市下方的nerv總部同樣也不能被幸免，黑之月從地下慢慢升空破土而出。
nerv總部最后懸浮在空中，這時的nerv總部露出最終的面貌。
一個倒立的巨型三角體，三角底面上就是如今的總部！
黑之月被地底下吸出來，這片區域的重力不再是正常化。