道君皇帝說“朝堂一坐亦何益”，他平時比較喜歡玩密折與內閣批答制度。朱由檢既然疑人不用了，那么也需要在制度上找補，不然養出個楊國忠來，他就要被逼著殺自己的貴妃了。
所以他懶歸懶，但還是維持了早朝的制度，擴大與上下層官員的接觸面，避免被蒙蔽，否則一個不好就要哭喊著問“十萬大軍！哪里來的十萬大軍？！”了。
而由于三大殿經常被毀，早朝很多時候是露天模式，起早摸黑，內容程式化，對于解決問題并沒有卵用。形式主義無論是在哪個時代都是被唾棄的。由于厭惡早朝，朝廷百官們總是喜歡找各種各樣的理由來逃避，經常性缺席。宣德年間一次缺朝達五百人，弘治朝更達一千一百人。
明初每日早朝，風雨無阻；萬歷后改為每月逢三、六、九日上朝，每月九次。所以相比于這些前輩，朱由檢兩朝一修實在是太勤奮了，以至于他在登基之初提出這個模式的時候竟然沒有遭到反對。
不過他在時間上作了修改，早朝不用三更燈火五更雞，而是延遲到了九點半。早朝的儀式也盡量簡化了，整個朝會是以短平快為主的，也就是有事起奏，無事退朝。
九月三十日早朝，一如既往地每月財政盤點。今年雖然稅收情況有所改善，但是有錢以后各部門伸手也開始變得理直氣壯了。怎么樣保住這筆錢，使得錢用在刀刃而不是刀把子上是個難題。
夏收按照起運的銀兩數理應入庫一千二百萬兩，實際到賬九百三十萬兩，漂沒了二百七十萬兩；秋收起運七百九十萬兩，目前到賬三百萬兩。上半年九邊及京營軍費理論上每年需要支付九百八十萬兩，實際上一般能給個三分之一算不錯了。
目前遼東鎮、東江鎮、薊鎮三鎮軍餉已經足額撥付，特別是東江鎮毛文龍當兵三十年，創立東江鎮六年以來就沒領過足餉，感動地痛哭流涕，專門寫了封無比肉麻的奏折來表忠心。
并且說自己有個侄女年方二十八，生得貌美如花，寡居帶兩娃。有個孫女雖然才六歲但可以送進宮做小宮女給皇帝捶背捏肩，問皇帝要不要。
京營選鋒足餉，其他的半餉；宣大山西支付七成餉。山西鎮接納了大量延綏鎮以及陜西衛所兵，所以在冊兵員額度一度膨脹到了十三萬，即便是七成軍費也破百萬，壓力巨大。
至于三邊，如今完全是半失聯狀態，消息幾個月才傳來一次，那邊直接讓孫承宗接管了，把他當節度使用，軍費不從朝廷撥，稅收也不轉運了，留給孫承宗運作，這就是帝師的逼格，至少官員們是這樣認為的。朝臣們彈劾不動，已經懶得彈劾他了。
上一次孫承宗傳來的消息也是訴苦的：甘肅寧夏干旱，河西水利廢壞殆盡，播下種子即被風卷走，原本的軍屯大部分荒廢了，民戶逃亡十之六七，三邊的軍餉只能依靠陜西轉移支付，壓力全部給到關中地區。
此外，朱由檢還額外給登萊水師撥了二百萬轉款，朝廷肯定不愿意出那么多，這二百萬一半是朝廷給的，一半是內帑撥的。
陜西太難了，今年陜西所有的稅收都留自用了，一分錢都沒有轉運。陜西承宣布政使司是大明最大的行政單位，下轄陜西、寧夏、甘肅全部，青海東部、內蒙西南部，面積超過100萬平方公里，相當于南直隸的4倍以上。而這么大的一塊地區，幾乎全部處于干旱狀態。
東遷的路被堵了，西遷沒有活路，南遷？可以南遷的地區目前不需要南遷，陜南本來就不干旱，還能種水稻。需要南遷的會路過關中和陜南，所過之處會不會引發動亂，連鎖反應糜爛數省，他們到了這里還愿意繼續走嗎，賴著不動怎么辦？！朝廷無力組織一場幾百萬人的大遷徙。
截止今日，太倉共計入庫白銀一千五百萬兩，軍餉支出七百萬兩，其余打造軍械、修繕城池、支付賞錢、征兵練兵、馬價銀馬料銀等等支出三百萬兩，再加上賑災、俸祿、疏通河道、漕軍漕船開支等又去了二百萬。
如今還沒到年底太倉就只剩下三百萬兩了，真就是量入為出，賺得多也給安排得明明白白的。而這些錢朝廷撥下去了，能不能真的足額發到每一個士兵手上也是難說。朱由檢感覺自己甚至要專門建立一個發餉的部隊，把餉銀發到每一個具體的士兵手上。
不過貪污軍餉既有腐敗的因素也有無奈之處：之前軍餉都發不足，更何況其他的支出？打仗不僅僅是軍餉的，軍械總是要的吧？糧餉不足，十個人的軍餉分給一百個人，那就是誰都吃不飽，一點戰斗力都沒有。