自下而上，申冤、上訪跑斷腿；自上而下，卻只不過是一句話的事情而已。
其實處置敗軍之將最積極的向來就是皇帝本人，畢竟處罰官員就是皇帝權力的重要組成部分。既然皇帝都發話了，那么翻案就很容易了。
當然，翻案包括兩個層面：一個是定罪，另一個是處罰。
定罪要推翻牽涉太大，基本是不可能的，并且熊廷弼“喪師棄土“也確是實情；楊鎬作為時任遼東經略負責指揮薩爾滸之戰，也確實是打輸了，這些都是要擔責的，也沒有說當時三堂會審有什么不公平的。
不過定罪改變不了，皇帝可以玩特赦啊。并且大明在處置大臣的時候秉承“功罪同議“的原則，是可以功過相抵的。
熊廷弼經略遼東確實有所作為，只是后面輸了一把清零了；楊鎬則是因為有朝鮮蔚山之戰的戰功打底，痛擊小日本，被朝鮮官民視同再造，威望比他們國王還高，殺楊鎬很可能還是國際事件。
因為功過都很大，所以關于他的處罰就擱置了下來，在詔獄關押至今，甚至都已經快被別人遺忘了。
由次輔朱燮元牽頭，三司把以前的卷宗翻出來，三天時間就把熊廷弼、馬林、楊鎬、王化貞的功罪之議給整理好了。
熊廷弼當初被斬首棄市，傳首九邊，抄家追贓，家人或辱或死。朱由檢認為這樣的處置太過了，著恢復其名譽，返還田宅，贈與金銀，允許熊廷弼次子熊兆璧收斂尸骸，歸還頭顱。
妻子陳氏封為三品誥命夫人，熊兆璧蔭錦衣衛百戶，罷免江夏知縣王爾玉。
當然，熊廷弼之死跟閹黨也脫不開關系，從感性上來說，應該把魏忠賢給砍了，但從理性來講，魏忠賢還有用。
而且，殺二品文官，魏忠賢還沒有那么大的權力，最根本還是出于皇帝的意志，也就是木匠哥哥的命令，子不言父過，繼承了哥哥的皇位，朱由檢也不能指責自己的哥哥。
但皇帝也不能乾綱獨斷，熊廷弼論死是三司審判的結果，他脾氣臭，把朝中大臣都得罪了一輪，翻案歸翻案，要是追究當初判案人員的責任卻很難做到，一旦開了先例，就會使得人人自危，很無奈也很現實，朱由檢也只能盡力補償一下熊廷弼的家人。
如果他早一點當皇帝，或者熊廷弼沒死，倒是可以盡量拉他一把，畢竟“將功折罪”這個籮筐，什么罪都能兜得住。
馬林當初被判為“畏敵先遁”，后守開原的時候，父子三人戰死，死后沒有被追責也沒有追贈。朱燮元認為他并不是畏敵先遁，是在苦戰之后，得知友軍全軍覆沒，才選擇率領殘兵撤退。
朱由檢同意了這個觀點，追封馬林左都督，第三子馬爌承襲父功，從原本的遼東游擊為昌平參將，分守天壽山，負責整備陵衛軍。
北京諸陵衛軍理論上有十二衛，每衛五千六百人，合計六萬七千二百人，實際不足五千，并且都是魚腩兵。
楊鎬功過相抵，免罪；王化貞負廣寧之敗主責，輕敵冒進、用人失當、拋棄大軍，僅僅帶著少量親信棄城逃跑，致使遼西防線徹底崩潰，處斬，抄家，不行誅連。
秋高氣爽正適合斬人，朱由檢可以容忍戰敗，甚至也可以允許跑路，但你得把軍隊給帶回來啊！臨陣脫逃拋棄友軍，該斬！
十月十三日，朱由檢再到獄中撈人，好死不死，正好撞見了通過賄賂錦衣衛來探監的，楊鎬的家人，場面一度十分地尷尬。